<div dir="ltr"><div>Hi John,</div><div><br></div><div>At least if its qcovs (or qcovhsp) there is a clear base value<div>from the NCBI code for guidance and conformance testing.</div></div><div><br></div><div>I'm still a little uncomfortable with a parser inferring to many<br></div><div>advanced values like this, but will defer to Bow as the</div><div>SearchIO author to comment on this might fit into his</div><div>object model (e.g. does this have parallels in the other</div><div>supported formats?).</div><div><br></div><div><div>(I'm pretty sure this general topic has come up in the past,</div><div>but couldn't immediately find an old issue or email thread.)</div></div><div><br></div><div>Bow?</div><div><br></div><div>Peter</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 11, 2017 at 10:02 PM, John T <span dir="ltr"><<a href="mailto:jaytee00@gmail.com" target="_blank">jaytee00@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>It is indeed qcovs, I was stuck using XML, didn't investigate that before. I haven't looked into the SearchIO version yet, but I assume it won't be more difficult to implement there so I'm happy to commit to that.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>John</div></font></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 11 September 2017 at 21:14, Peter Cock <span dir="ltr"><<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi John, CC Bow,<br>
<br>
Is this information in any of the BLAST output formats?<br>
<br>
I suspect you are talking about recreating one or more<br>
of the coverage fields which can be requested in the<br>
BLAST csv or tabular output files formats? i.e. qcovs<br>
or qcovhsp perhaps?<br>
<br>
If so, I can see a rational for computing this for the<br>
BLAST XML parsing... although given we'd like to<br>
push people towards SearchIO (which supports the<br>
BLAST tabular format as well), doing it there might<br>
make more sense than in NCBIXML?<br>
<br>
Peter<br>
<div><div class="m_9172762734742828488h5"><br>
On Mon, Sep 11, 2017 at 5:40 PM, John T <<a href="mailto:jaytee00@gmail.com" target="_blank">jaytee00@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi all,<br>
><br>
> I've written a script that calculates the overall coverage for all HSP in an<br>
> alignment, like that given on the BLAST homepage. Would it make sense to add<br>
> this to Bio.Blast.Record.Alignment (and/or the BlastIO equivalent)? It's not<br>
> something that's explicitly defined in the XML and so may be out of scope,<br>
> but it is something that's given in the website version of BLAST results so<br>
> people might reasonably expect it to be there. I'd add it as a @property so<br>
> it as only calculated when required.<br>
><br>
> I've never tried contributing to an open source project before so I didn't<br>
> want to dive in and do something stupid.<br>
><br>
> Cheers,<br>
> John<br>
><br>
><br>
</div></div>> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Biopython-dev mailing list<br>
> <a href="mailto:Biopython-dev@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython-dev@mailman.open-bio<wbr>.org</a><br>
> <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/ma<wbr>ilman/listinfo/biopython-dev</a><br>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>