<p dir="ltr">I'm partially against it. </p>
<p dir="ltr">NACCESS is also old software, not updated since forever. This shouldn't be a reason for deprecating modules. If the code isn't available anymore, it's OK, otherwise, people might still use it. I'd send an email to the general users list asking first. </p>
<br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">A qui, 27/07/2017, 16:08, Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Thanks Patrick,<br>
<br>
Sourav - If there are no objections, then next week I suggest<br>
you make a pull request to do the deprecation.<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
Peter<br>
<br>
On Thu, Jul 27, 2017 at 3:30 PM, Patrick Kunzmann<br>
<<a href="mailto:padix.kleber@gmail.com" target="_blank">padix.kleber@gmail.com</a>> wrote:<br>
> There are also no objections from my side. If the algorithm is well<br>
> documented and implementation using numpy arrays is feasible, I might<br>
> integrate it in my onging develoment of a new structure subpackage.<br>
><br>
> Best regards,<br>
><br>
> Patrick<br>
><br>
><br>
><br>
> On 27.07.2017 10:50, Peter Cock wrote:<br>
>><br>
>> This came up in discussion on this pull request:<br>
>><br>
>> <a href="https://github.com/biopython/biopython/pull/1336" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/biopython/biopython/pull/1336</a><br>
>><br>
>> Quoting the tool's README file,<br>
>><br>
>> "P-SEA is small tool for secondary structure assignment<br>
>> from Ca cartesian coordinates of proteins. It reads<br>
>> PDB-formatted file and return a file containing : the<br>
>> sequence read in one-letter code and the secondary<br>
>> structure assigned (a=helix, b=strand, c=coil)."<br>
>><br>
>> It does compile fine on macOS Sierra, and the readme<br>
>> talks about other Unix platforms (HP-UX and IRIX),<br>
>> but it does not compile as is on Linux.<br>
>><br>
>> In either case you get warnings about using the "gets"<br>
>> function which is not secure.<br>
>><br>
>> I favour deprecating Bio.PDB.PSEA<br>
>><br>
>> Peter<br>
>><br>
>><br>
>> On Wed, Jul 26, 2017 at 7:13 PM, Sourav Singh <<a href="mailto:ssouravsingh12@gmail.com" target="_blank">ssouravsingh12@gmail.com</a>><br>
>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Hello,<br>
>>><br>
>>> As referenced in the subject, I would like to discuss about deprecating<br>
>>> Bio.PDB.PSEA<br>
>>><br>
>>> As referenced in the link here-<br>
>>> <a href="ftp://ftp.lmcp.jussieu.fr/pub/sincris/software/protein/p-sea/P-SEA.tar.gz" rel="noreferrer" target="_blank">ftp://ftp.lmcp.jussieu.fr/pub/sincris/software/protein/p-sea/P-SEA.tar.gz</a><br>
>>><br>
>>> The last update to the P-SEA package was done in September 1996, which<br>
>>> makes<br>
>>> it really old. I would like to know if the dev community is fine with<br>
>>> deprecating the module for future releases of Biopython.<br>
>>><br>
>>> Regards,<br>
>>><br>
>>> Sourav<br>
>>><br>
>>> Sent from my Phone.Excuse any mistakes and brevity.<br>
>>><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> Biopython-dev mailing list<br>
>>> <a href="mailto:Biopython-dev@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
>>> <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev</a><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Biopython-dev mailing list<br>
>> <a href="mailto:Biopython-dev@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
>> <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Biopython-dev mailing list<br>
> <a href="mailto:Biopython-dev@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
> <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev</a><br>
_______________________________________________<br>
Biopython-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Biopython-dev@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev</a><br>
</blockquote></div>