<div>On Linux (Ubuntu 16.04.02) I was getting following error:<br></div><div><br></div><div>    creating build/temp.linux-x86_64-3.5<br></div><div>    creating build/temp.linux-x86_64-3.5/Bio<br></div><div>    x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fPIC -I/usr/include/python3.5m -I/root/virt_env/test_biopython3/include/python3.5m -c Bio/cpairwise2module.c -o build/temp.linux-x86_64-3.5/Bio/cpairwise2module.o<br></div><div>    unable to execute 'x86_64-linux-gnu-gcc': No such file or directory<br></div><div>    error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1<br></div><div><br></div><div>    ----------------------------------------<br></div><div>Command "/root/virt_env/test_biopython3/bin/python3 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-eokznl75-build/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-avijolek-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /root/virt_env/test_biopython3/include/site/python3.5/biopython" failed with error code 1 in /tmp/pip-eokznl75-build/<br></div><div><br></div><div><br></div><div>Which was of course solved by installing python3-dev. Shouldn't that also go to the setup script?<br></div><div><br></div><div>Then install and tests (Python 3.5.2): <a href="https://pastebin.com/Vz2yFRZF">https://pastebin.com/Vz2yFRZF</a><br></div><div><br></div><div>Everything seems to be fine here.</div><div><br></div><div class="protonmail_signature_block "><div class="protonmail_signature_block-user "><div>Best regards,<br></div><div>Mateusz Korycinski<br></div></div><div><br></div><div class="protonmail_signature_block-proton ">Sent with <a href="https://protonmail.com">ProtonMail</a> Secure Email.<br></div></div><div><br></div><blockquote class="protonmail_quote" type="cite"><div>-------- Original Message --------<br></div><div>Subject: Re: [Biopython-dev] Biopython 1.70 release<br></div><div>Local Time: July 11, 2017 11:43 AM<br></div><div>UTC Time: July 11, 2017 9:43 AM<br></div><div>From: mkorycinski@protonmail.ch<br></div><div>To: Mateusz Korycinski <mkorycinski@protonmail.ch><br></div><div>Peter Cock <p.j.a.cock@googlemail.com>, Biopython-Dev Mailing List <biopython-dev@mailman.open-bio.org><br></div><div><br></div><div>In the meantime I also managed to run them on Mac. Now I will do it for Linux.<br></div><div><br></div><div>Tests on Mac in virtualenv with no site packages:<br></div><div>Python2.7: <a href="https://pastebin.com/G5WiU1yX" rel="noreferrer nofollow noopener">https://pastebin.com/G5WiU1yX</a><br></div><div>Python3.6: <a href="https://pastebin.com/JDMq9uib" rel="noreferrer nofollow noopener">https://pastebin.com/JDMq9uib</a><br></div><div><br></div><div>Everything seems to work fine with Python 2.7, except of wrappers depending on site programs (e.g. MUSCLE, BLAST+).<br></div><div><br></div><div>In Python 3.6 I experienced some errors (see link above). Perhaps it's something wrong with my environment? To create environment I did:<br></div><div>virtualenv ~/virt_env/test3 --no-site-packages -p python3.6<br></div><div>source ~/virt_env/test3/bin/activate<br></div><div><br></div><div class="protonmail_signature_block "><div class="protonmail_signature_block-user "><div>Best regards,<br></div><div>Mateusz Korycinski<br></div></div><div><br></div><div class="protonmail_signature_block-proton ">Sent with <a href="https://protonmail.com" rel="noreferrer nofollow noopener">ProtonMail</a> Secure Email.<br></div></div><div><br></div><blockquote type="cite" class="protonmail_quote"><div>-------- Original Message --------<br></div><div>Subject: Re: [Biopython-dev] Biopython 1.70 release<br></div><div>Local Time: July 11, 2017 10:06 AM<br></div><div>UTC Time: July 11, 2017 8:06 AM<br></div><div>From: mkorycinski@protonmail.ch<br></div><div>To: Peter Cock <p.j.a.cock@googlemail.com><br></div><div>Biopython-Dev Mailing List <biopython-dev@mailman.open-bio.org><br></div><div><br></div><div>Hi,<br></div><div><br></div><div>I can also test that on both Mac and Linux.<br></div><div><br></div><div class="protonmail_signature_block "><div class="protonmail_signature_block-user "><div>Best regards,<br></div><div>Mateusz Korycinski<br></div></div><div><br></div><div class="protonmail_signature_block-proton ">Sent with <a rel="noreferrer nofollow noopener" href="https://protonmail.com">ProtonMail</a> Secure Email.<br></div></div><div><br></div><blockquote class="protonmail_quote" type="cite"><div>-------- Original Message --------<br></div><div>Subject: Re: [Biopython-dev] Biopython 1.70 release<br></div><div>Local Time: July 10, 2017 6:56 PM<br></div><div>UTC Time: July 10, 2017 4:56 PM<br></div><div>From: p.j.a.cock@googlemail.com<br></div><div>To: Sourav Singh <ssouravsingh12@gmail.com><br></div><div>Biopython-Dev Mailing List <biopython-dev@mailman.open-bio.org><br></div><div><br></div><div dir="ltr"><div>Thanks for the offer Sourav, but Ben Fulton is happy to do<br></div><div>the Windows installers again for Biopython 1.70.<br></div><div><br></div><div>It would however be great if you could download the zip file<br></div><div>(or tar-ball), and attempt to installing it from source and run<br></div><div>the tests (on Windows, Linux or Mac).<br></div><div><br></div><div>e.g.<br></div><div><br></div><div>wget <a href="http://biopython.org/DIST/biopython-1.70.zip" rel="noreferrer nofollow noopener">http://biopython.org/DIST/biopython-1.70.zip</a><br></div><div>unzip biopython-1.70.zip<br></div><div>cd biopython-1.70<br></div><div>pip install .<br></div><div>cd Tests<br></div><div>python run_tests.py<br></div><div><br></div><div>Thanks,<br></div><div><br></div><div>Peter<br></div></div><div class="gmail_extra"><div><br></div><div class="gmail_quote"><div>On Mon, Jul 10, 2017 at 5:47 PM, Sourav Singh <span dir="ltr"><<a href="mailto:ssouravsingh12@gmail.com" rel="noreferrer nofollow noopener">ssouravsingh12@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div><blockquote style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div dir="auto"><div>Hello,<br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I can help with the testing of the gzipped code and creation of Windows installers for Biopython 1.70.<br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Regards,<br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Sourav<br></div></div><div class="gmail_extra"><div><br></div><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Jul 10, 2017 9:59 PM, "Peter Cock" <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" rel="noreferrer nofollow noopener">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div></div><blockquote style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div><div class="h5"><div>Hi Ben,<br></div><div><br></div><div>While in the not too distant future I am hoping to adopt the<br></div><div>NumPy approach to building wheels (and installers?) [1],<br></div><div>it would be much appreciated if you could make all the<br></div><div>Windows installers for Biopython 1.70.<br></div><div><br></div><div>(In particular Python 3.6, but if possible also Python 2.7,<br></div><div>3.4 and 3.5 - we no longer support Python 3.3)<br></div><div><br></div><div>Now that we have Windows-based continuous integration<br></div><div>up and running on AppVeyor [2], I didn't feel it necessary<br></div><div>to bother you in advance about running the unit tests.<br></div><div><br></div><div>Much obliged,<br></div><div><br></div><div>Peter<br></div><div><br></div><div>[1] <a rel="noreferrer nofollow noopener" href="http://mailman.open-bio.org/pipermail/biopython-dev/2017-July/021817.html">http://mailman.open-bio.org/pi<wbr>permail/biopython-dev/2017-Jul<wbr>y/021817.html</a><br></div><div><br></div><div>[2] <a rel="noreferrer nofollow noopener" href="http://mailman.open-bio.org/pipermail/biopython-dev/2017-June/021797.html">http://mailman.open-bio.org/pi<wbr>permail/biopython-dev/2017-Jun<wbr>e/021797.html</a><br></div><div><a rel="noreferrer nofollow noopener" href="https://ci.appveyor.com/project/biopython/biopython/history">https://ci.appveyor.com/projec<wbr>t/biopython/biopython/history</a><br></div><div><br></div><div><br></div><div>On Mon, Jul 10, 2017 at 4:43 PM, Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" rel="noreferrer nofollow noopener">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><div>> Hello all,<br></div><div>><br></div><div>> I'd like to delay the PyPI upload and official release announcement until<br></div><div>> someone else has confirmed they could install this - any volunteers?<br></div><div>><br></div><div>> <a rel="noreferrer nofollow noopener" href="http://biopython.org/DIST/biopython-1.70.tar.gz">http://biopython.org/DIST/biop<wbr>ython-1.70.tar.gz</a><br></div><div>> <a rel="noreferrer nofollow noopener" href="http://biopython.org/DIST/biopython-1.70.zip">http://biopython.org/DIST/biop<wbr>ython-1.70.zip</a><br></div><div>> Checksums:<br></div><div>><br></div><div>> $ md5sum biopython-1.70.*<br></div><div>> feff7a3e2777e43f9b13039b344e06<wbr>ff  biopython-1.70.tar.gz<br></div><div>> 6307ab27c257fe69b9dae4bfc3052f<wbr>49  biopython-1.70.zip<br></div><div>><br></div><div>> $ sha256sum biopython-1.70.*<br></div><div>> 4a7c5298f03d1a45523f32bae1fffc<wbr>ff323ea9dce007fb1241af092f5ab2<wbr>e45b<br></div><div>> biopython-1.70.tar.gz<br></div><div>> 34312ce899f6c3fc9dea77ca997f9a<wbr>8c228043d05284a0653577594aeb11<wbr>9d4f<br></div><div>> biopython-1.70.zip<br></div><div>><br></div><div>> These are from this tagged commit on the main repository:<br></div><div>><br></div><div>> <a rel="noreferrer nofollow noopener" href="https://github.com/biopython/biopython/tree/biopython-170">https://github.com/biopython/b<wbr>iopython/tree/biopython-170</a><br></div><div>> <a rel="noreferrer nofollow noopener" href="https://github.com/biopython/biopython/commit/4d01a84f0aa8f91863075f7f0f074b4b69e53959">https://github.com/biopython/b<wbr>iopython/commit/4d01a84f0aa8f9<wbr>1863075f7f0f074b4b69e53959</a><br></div><div>><br></div><div>> The revised documentation is already live:<br></div><div>><br></div><div>> <a rel="noreferrer nofollow noopener" href="http://biopython.org/DIST/docs/api/">http://biopython.org/DIST/docs<wbr>/api/</a><br></div><div>> <a rel="noreferrer nofollow noopener" href="http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf">http://biopython.org/DIST/docs<wbr>/tutorial/Tutorial.pdf</a><br></div><div>> <a rel="noreferrer nofollow noopener" href="http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html">http://biopython.org/DIST/docs<wbr>/tutorial/Tutorial.html</a><br></div><div>> etc<br></div><div>><br></div><div>> Peter<br></div><div>><br></div><div>> On Mon, Jul 10, 2017 at 2:19 PM, Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" rel="noreferrer nofollow noopener">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><div>>> Thanks everyone who helped recently with resolving<br></div><div>>> open issues and pull requests - especially Eric who<br></div><div>>> did lots last week.<br></div><div>>><br></div><div>>> I'm going to try the release this afternoon, so please<br></div><div>>> consider the mast branch frozen for the time being.<br></div><div>>><br></div><div>>> Thanks,<br></div><div>>><br></div><div>>> Peter<br></div></div></div><div><span class="">______________________________<wbr>_________________<br> Biopython-dev mailing list<br> <a href="mailto:Biopython-dev@mailman.open-bio.org" rel="noreferrer nofollow noopener">Biopython-dev@mailman.open-bio<wbr>.org</a><br> <a rel="noreferrer nofollow noopener" href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev">http://mailman.open-bio.org/ma<wbr>ilman/listinfo/biopython-dev</a></span></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div></blockquote></blockquote><div><br></div></blockquote><div><br></div>