<div dir="ltr">It can see plenty of issues where it could help. In my specific case all the PopGen code is stopped for 10 years because I would need to write very fast code (say in Cython). This would be an extension module, not a core module because it would impart a very big dependency on the system.<div><br></div><div>Modules would allow a core with very strict policies and dependencies _but_ extensions that could be way more relaxed.</div><div><br></div><div>It would also lower the barrier of entry for new content. Everyone could publish an extension. If the extension would survive time (which most do not - creating a maintenance burden in the core) then it could eventually be made a core extension. Now the policy in practice is to add very little innovation out of the fear that it will become stagnant and not-supported by the main author (say after publication). An extension system would accommodate both innovation whereas preserving the core quality. <br></div><div><br></div><div>Currently we have a gigantic monolith that in practice imposes very conservative technologies and changes. I suspect that is why we do not see anything really exciting with Biopython for the better part of the last decade,</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 28 June 2017 at 04:25, Michiel de Hoon <span dir="ltr"><<a href="mailto:mjldehoon@yahoo.com" target="_blank">mjldehoon@yahoo.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:10px"><div id="m_4366980446051291029yui_3_16_0_1_1498644225839_45791" dir="ltr"><span id="m_4366980446051291029yui_3_16_0_1_1498644225839_45863">I agree with Joao here. I don't see an immediate and overriding problem that modularity would solve, and I can see many drawbacks.</span></div><div dir="ltr"><span id="m_4366980446051291029yui_3_16_0_1_1498644225839_45863"><br></span></div><div dir="ltr"><span id="m_4366980446051291029yui_3_16_0_1_1498644225839_45863">Best,</span></div><div dir="ltr"><span id="m_4366980446051291029yui_3_16_0_1_1498644225839_45863">-Michiel</span></div> <div class="m_4366980446051291029qtdSeparateBR"><br><br></div><div class="m_4366980446051291029yahoo_quoted" style="display:block"> <div style="font-family:Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:10px"> <div style="font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:16px"><span class=""> <div dir="ltr"><font size="2" face="Arial"> On Monday, June 26, 2017 11:03 AM, João Rodrigues <<a href="mailto:j.p.g.l.m.rodrigues@gmail.com" target="_blank">j.p.g.l.m.rodrigues@gmail.com</a><wbr>> wrote:<br></font></div>  <br><br> </span><div class="m_4366980446051291029y_msg_container"><span class=""><div id="m_4366980446051291029yiv5820356184"><div><div dir="ltr">Copied from the other thread where I mistakenly posted:<br clear="none"><br clear="none">I think we should focus on other topics such as 
modularity. What do the proponents of the said modularity say about it? 
What are its advantages? I personally think a big disadvantage is that 
with one package install you get a wide array of tools for a variety of 
subjects. With a constellation of modules you might end up with an 
up-to-date core and an out-of-date lone module somewhere, which makes 
things much much harder not only to maintain but also to debug in case 
of issues. <div class="m_4366980446051291029yiv5820356184yqt2693074091" id="m_4366980446051291029yiv5820356184yqtfd23041"><br clear="none"><br clear="none"></div></div><div class="m_4366980446051291029yiv5820356184yqt2693074091" id="m_4366980446051291029yiv5820356184yqtfd49977">
</div></div></div></span><span class=""><div class="m_4366980446051291029yqt2693074091" id="m_4366980446051291029yqtfd49057">______________________________<wbr>_________________<br clear="none">Biopython-dev mailing list<br clear="none"><a shape="rect" href="mailto:Biopython-dev@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython-dev@mailman.open-<wbr>bio.org</a><br clear="none"><a shape="rect" href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/<wbr>mailman/listinfo/biopython-dev</a></div><br><br></span></div>  </div> </div>  </div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Tiago Antao<div>Scientific and HPC programmer</div><div><a href="http://tiago.org" target="_blank">http://tiago.org</a></div><div><a href="https://github.com/tiagoantao/" target="_blank">https://github.com/tiagoantao/</a><br></div></div></div>
</div>