<p dir="ltr">Hi Peter, </p>
<p dir="ltr">Regarding the pledge, the more I think about it the more conflicted I feel. On one hand, this will push adoption of Py3.x for the end-user and allow us to take advantage of new language features. On the other hand, I still work on clusters with system Py2.6 and with code that chokes with anything over 2.5. </p>
<p dir="ltr">For Biopython 2, I think it might be reasonable to say look, we support only 3.x, and maintain versions 1.x supporting Py2.x but dropping support altogether might be a bad move. </p>
<p dir="ltr">Also, in general, for any new version, I think it would be interesting to see what is out there in the python ecosystem that 'competes' or depends on biopython. When this first started there wasn't much around, now there are a few packages. We should define our own philosophy and identity and not just rewrite to end up overlapping with other packages. I looking specifically at Bio.PDB, for which we have mdtraj, biskit, prody, etc. We have a distinct feature (the hierarchical model) that in my opinion makes biopython unique and powerful. We should keep features like these and just add, e.g format converters, to have better interoperability with other packages. This is also easier than a full rewrite.</p>
<p dir="ltr">+5 for a wiki page, thanks Tiago. </p>
<br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">A qua, 21/06/2017, 09:52, Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">On Wed, Jun 21, 2017 at 5:41 PM, Tiago Antão <<a href="mailto:tiagoantao@gmail.com" target="_blank">tiagoantao@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> If no one opposes, I would like to open a page on the wiki about this. Just<br>
> as a place to put ideas, so that they will not be forgotten.<br>
><br>
<br>
That's a really good idea, please go ahead and link to it<br>
from <a href="http://biopython.org//wiki/Active_projects" rel="noreferrer" target="_blank">http://biopython.org//wiki/Active_projects</a><br>
<br>
Peter<br>
</blockquote></div>