<div dir="ltr"><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><b>TL:DR - Importing issue solved by 'manually_import' function. It can be used to solve similar problems in the future. Decided to remove non-Bio doctest for problematic versions of python. Open to input/suggestions/criticisms. Thank you.</b></font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">Hello all, </font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">I have solved the 'testseq' importing issue. </font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">Since I could not import 'testseq' directly, I wrote a function that could manually import 'testseq' into the 'test_testseq' unit test using the built-in module 'importlib'. The function, named 'manually_import,' is generalized to work for any future unit tests for modules outside the 'Bio' package. You can see the code in isolation here: <a href="https://github.com/Adil-Iqbal/Personal-Projects/blob/master/Test%20Sequence/manually_import.py">https://github.com/Adil-Iqbal/Personal-Projects/blob/master/Test%20Sequence/manually_import.py</a></font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">If ever such an issue should arise again, please direct the contributor to "Tests/test_testseq.py" </font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">They can import the 'manually_import' function directly from there.</font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">Than the issue arose that the 'run_tests.py' file could not import 'Scripts.testseq' prior to python 3.3. I decided to try using a permutation of the 'manually_import' code to solve the problem and it worked! With one caveat, the doctests within 'testseq.py' were subject to the same import restrictions and copying the 'manually_import' code again within the doctests seemed excessive. The solution that worked in the end was to remove doctests from outside of the 'Bio' package in python versions prior to 3.3.</font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">Some of you have noted that I am very 'commited' to finishing my work on this project. I've downloaded and am now running flake8 tests locally. I'm looking into integrating flake8 directly into my IDE. I've also downloaded virtualenv, and am looking into other solutions for local testing as well (though it's not currently set up). The problem will definitely be addressed before I begin work on reverting the seeding. Thank you for helping. It means a lot.</font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">Best,</font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">Adil</font></div></div>
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