<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div>Hello Everyone,<br><br></div>I am looking to propose a project for GSoC 2017 under BioPython.<br><br></div>I have written my project proposal below. If anyone would be interested in mentoring me on the project, it would be great.<br><u><br></u></div><u>Project Title</u>- Add support for LLVM/ CUDA kernels to BioPython using Numba.<br><br></div><u>About Project-<br><br></u></div>Currently Biopython has support for PyPy compiler, but the support for PyPy is not proper since Biopython depends on NumPy for certain functionalities, and NumPy has been ported to PyPy compiler. The aim of this project is to add support for LLVM compiler and if needed, support for GPUs through Numba.<br><br></div><u>Approach-</u> <br><br></div>I am currently trying to undertake some pilot tests on kNN module of Biopython and benchmark the results accordingly. The project would involve adding support for LLVM using Numba for certain specific modules in Biopython which can benefit highly with the speedup. If needed, Support for CUDA kernels can also be added to Biopython.<br><br></div><u>Knowledge required-</u><br><div><br>1) Programming skills in Python<br></div><div>2) Knowledge of BioPython internals.<br></div><div>3) Knowledge of LLVM workings<br></div><div>4) Knowledge of CUDA.<br></div><div> <br></div><div><u>Difficulty-<br><br></u></div><div>Medium to Hard depending on the kind of module being worked on.<br><br></div><div>Regards,<br><br></div><div>Sourav<br></div></div>