<div dir="ltr">Well, there is not much interest on mailing list, so I won't do it, especially since my code now is pretty barebones. If anyone needs kmer lib, kPAL appears to be the most powerful (as of now).<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-02-07 10:11 GMT+08:00 Alexey Morozov <span dir="ltr"><<a href="mailto:alexeymorozov1991@gmail.com" target="_blank">alexeymorozov1991@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Okay, I've asked on the users mailing list. If there are people expressing interest, I'll make it, otherwise there's no reason to.<br></div><div class="gmail_extra"><div><div class="h5"><br><div class="gmail_quote">2017-02-06 20:26 GMT+08:00 Peter Cock <span dir="ltr"><<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">HI Alexey,<br>
<span><br>
On Fri, Feb 3, 2017 at 3:14 AM, Alexey Morozov<br>
<<a href="mailto:alexeymorozov1991@gmail.com" target="_blank">alexeymorozov1991@gmail.com</a>> wrote:<br>
> I've written a little library for k-mer based analyses, and eventually<br>
> decided to upload it to PyPI. Guess what? There are several modules for that<br>
> (<a href="https://pypi.python.org/pypi?%3Aaction=search&term=kmer&submit=search" rel="noreferrer" target="_blank">https://pypi.python.org/pypi?<wbr>%3Aaction=search&term=kmer&sub<wbr>mit=search</a>),<br>
> including my own (kmers).<br>
<br>
</span>I have used khmer from Python <a href="http://khmer.readthedocs.io/en/v2.0/" rel="noreferrer" target="_blank">http://khmer.readthedocs.io/en<wbr>/v2.0/</a><br>
but have not looked into the more recent options.<br>
<span><br>
> Is there a chance one of those can make it to Biopython?<br>
<br>
</span>Potentially, although it may not be a good fit.<br>
<span><br>
> It's usually better to have a singe universally available library<br>
> than a bunch of in compatiblble ones.<br>
<br>
</span>Yes :)<br>
<span><br>
> I'm willing to work on it, probably in cooperation with folks that made<br>
> other packages, but I don't have a slightest idea whether it's gonna be<br>
> accepted to Biopython. k-mers are still somewhat obscure, after all. If it<br>
> is, where, in your opinion, does it belong? A separate Bio.Kmers module,<br>
> a submodule of Bio.Statistics or Bio.Cluster? Something else?<br>
<br>
</span>If Biopython were to have some k-mer support, probably a separate<br>
top level module, Bio.kmers (lower case as per PEP8 unless<br>
constrained by historical choices, so not Bio.Kmers) would be best.<br>
Or, under Bio.SeqUtils might work too?<br>
<br>
My gut feeling is that a one or two person effort would struggle to<br>
match some of existing Python libraries focused on kmers,<br>
especially for performance. However, if there is interest from<br>
the Biopython community that would be great.<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
Peter<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br></div></div><span class="">-- <br><div class="m_6707594228010579664gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><font face="arial,helvetica,sans-serif">Alexey Morozov,<br>LIN SB RAS, bioinformatics group.<br>Irkutsk, Russia.<br></font></div>
</span></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><font face="arial,helvetica,sans-serif">Alexey Morozov,<br>LIN SB RAS, bioinformatics group.<br>Irkutsk, Russia.<br></font></div>
</div>