<html>
<head>
<style>
body {
  font-family: Verdana, sans-serif;
  font-size: 0.8em;
  color:#484848;
}
h1, h2, h3 { font-family: "Trebuchet MS", Verdana, sans-serif; margin: 0px; }
h1 { font-size: 1.2em; }
h2, h3 { font-size: 1.1em; }
a, a:link, a:visited { color: #2A5685;}
a:hover, a:active { color: #c61a1a; }
a.wiki-anchor { display: none; }
fieldset.attachments {border-width: 1px 0 0 0;}
hr {
  width: 100%;
  height: 1px;
  background: #ccc;
  border: 0;
}
span.footer {
  font-size: 0.8em;
  font-style: italic;
}
</style>
</head>
<body>
Issue #2375 has been updated by Vincent Davis.

<ul>
  <li><strong>Description</strong> updated (<a title="View differences" href="https://redmine.open-bio.org/journals/diff/15350?detail_id=1625">diff</a>)</li>
  <li><strong>Status</strong> changed from <i>New</i> to <i>Closed</i></li>
  <li><strong>Assignee</strong> changed from <i>Biopython Dev Mailing List</i> to <i>Vincent Davis</i></li>
  <li><strong>% Done</strong> changed from <i>0</i> to <i>100</i></li>
</ul>

<p>Since this is being deprecated, I will just close this.<br />"Bio.PopGen.SimCoal has been deprecated, and we intend to " <br />              " remove it in a future release of Biopython. If you would like" <br />              " to continue using it, please contact the Biopython developers" <br />              " via the mailing list."</p>
<hr />
<h1><a href="https://redmine.open-bio.org/issues/2375#change-15350">Bug #2375: Coalescent support through Simcoal2</a></h1>

<ul><li>Author: Tiago Antao</li>
<li>Status: Closed</li>
<li>Priority: Normal</li>
<li>Assignee: Vincent Davis</li>
<li>Category: Main Distribution</li>
<li>Target version: Not Applicable</li>
<li>URL: </li></ul>

<p>Implement Coalescent support through Simcoal2.</p>


        <p>Coalescent simulation support will be included not by creating a new coalescent simulator, but by using the existing Simcoal2.</p>


        <p>This will include the ability to run and control Simcoal2 as well as other utilities like scenario generation (both demographies and genomes).</p>

  <fieldset class="attachments"><legend>Files</legend>
    <a href="https://redmine.open-bio.org/attachments/download/825/setup.py.diff">setup.py.diff</a>
    (271 Bytes)<br />
    <a href="https://redmine.open-bio.org/attachments/download/842/simcoaldiff.zip">simcoaldiff.zip</a>
    (6.07 KB)<br />
    <a href="https://redmine.open-bio.org/attachments/download/950/setup.py.diff">setup.py.diff</a>
    (1.37 KB)<br />
  </fieldset>


<hr />
<span class="footer"><p>You have received this notification because you have either subscribed to it, or are involved in it.<br />To change your notification preferences, please click here and login: <a class="external" href="http://redmine.open-bio.org">http://redmine.open-bio.org</a></p></span>
</body>
</html>