<html>
<head>
<style>
body {
  font-family: Verdana, sans-serif;
  font-size: 0.8em;
  color:#484848;
}
h1, h2, h3 { font-family: "Trebuchet MS", Verdana, sans-serif; margin: 0px; }
h1 { font-size: 1.2em; }
h2, h3 { font-size: 1.1em; }
a, a:link, a:visited { color: #2A5685;}
a:hover, a:active { color: #c61a1a; }
a.wiki-anchor { display: none; }
fieldset.attachments {border-width: 1px 0 0 0;}
hr {
  width: 100%;
  height: 1px;
  background: #ccc;
  border: 0;
}
span.footer {
  font-size: 0.8em;
  font-style: italic;
}
</style>
</head>
<body>
Issue #3460 has been reported by David van IJzendoorn.
<hr />
<h1><a href="https://redmine.open-bio.org/issues/3460">Feature #3460: Enhancement: network analysis tool PyPanda</a></h1>

<ul><li>Author: David van IJzendoorn</li>
<li>Status: Migrated</li>
<li>Priority: Normal</li>
<li>Assignee: Biopython Dev Mailing List</li>
<li>Category: Other</li>
<li>Target version: 1.64</li>
<li>URL: https://github.com/davidvi/pypanda</li></ul>

<p><a class="external" href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0064832">http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0064832</a><br />PANDA (Passing Attributes between Networks for Data Assimilation) is a gene regulatory network inference method that uses message-passing to integrate multiple sources of 'omics data.</p>


        <p>PANDA was first released in C++ but now we've created a python implementation of the PANDA algorithm that is both faster than the C++ version (because we now use matrix operations) and has more features.</p>


        <p><a class="external" href="https://github.com/davidvi/pypanda">https://github.com/davidvi/pypanda</a></p>


        <p>Would you be interested in adding pypanda to biopython? I would be willing to maintain the code.</p>



<hr />
<span class="footer"><p>You have received this notification because you have either subscribed to it, or are involved in it.<br />To change your notification preferences, please click here and login: <a class="external" href="http://redmine.open-bio.org">http://redmine.open-bio.org</a></p></span>
</body>
</html>