<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Talk to the HMMER team first. If they have good reason and a citable<br>
authority for this file format change, we could support it directly?<br></blockquote><div><br></div><div>Will do.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<span class=""><br>
> My original question was why does AlignIO ignore "custom" annotations it<br>
> doesn't know, while writing (StockholmIO, line 254)?<br>
<br>
</span><a href="https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/AlignIO/StockholmIO.py#L254" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/AlignIO/StockholmIO.py#L254</a><br>
<br>
Because as far as I know only a short list of accepted feature types for<br>
the GS lines exist (from PFAM/RFAM). The associated comment about<br>
this could have been prefixed with TODO - do you have a strong use<br>
case for custom annotations?<br></blockquote><div><br></div><div>Not really, just a case where I want to add my own annotations to each sequence in an alignment. We could support "custom" annotations directly under the keys found in the Stockholm file, instead of trying to map them somewhere. That would keep the PFAM/RFAM keys "mappable" but extend the format if people want to add extra things. It's a shame such an annotation-friendly format can only take "official" annotations..</div></div></div></div>