<p dir="ltr">Yeah, that's basically it... For both statements.</p>
<p dir="ltr">Regardless, about the custom annotations, should I give it a try and get it to work? My plan was to have whatever is mapped to a pfam or rfam key extended, as is now, and whatever else just kept under the two-character key. </p>
<br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">A ter, 5/04/2016, 09:41, Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">If we agree with the hmmer treatment of this text as a description, then everything<div>is working as designed? Not ideal, but over-interpreting free text isn't either.</div><div><br></div><div>I wonder if hmmer could do something smarter with the FASTA input - but that's</div><div>not up to us.</div><div><br></div><div><div></div></div></div><div dir="ltr"><div><div>Peter</div></div></div><div dir="ltr"><div><div><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 5, 2016 at 5:21 PM, João Rodrigues <span dir="ltr"><<a href="mailto:j.p.g.l.m.rodrigues@gmail.com" target="_blank">j.p.g.l.m.rodrigues@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">Got in touch with Sean Eddy and apparently the issue is that hmmer reads the info from the original database file, which is in FASTA format, and then considers it as description. There's no attempt to parse any of that info because of the lack of semantics in FASTA headers.</p>
<p dir="ltr">I'd be in favor of adding a sub parser for this info,  although I'm not sure how popular it would be. Making it separate from the main Stockholm parser makes sense for me, this is a special case. What do you think? </p><div><div><br></div></div></blockquote></div></div></div></div></div></blockquote></div>