<div dir="ltr">Thanks Peter, but I'm not sure these issues relate to what I am looking for.<div><br></div><div>I went a bit through the parser and the part that I actually need is to read/write custom keys in GS records. Specifically, I am parsing Stockholm files produced by HMMER (and looking to add some extra info to the resulting Alignment obj), which I just realized are not properly formatted because they contain multiple GS annotations in one line (see below). </div><div><br></div><div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font face="monospace, monospace" size="1"># STOCKHOLM 1.0<br></font><font face="monospace, monospace" size="1">#=GF ID sp|P00929|TRPA_SALTY-i5</font><font face="monospace, monospace" size="1"><br></font><font face="monospace, monospace" size="1">#=GS sp|P00929|TRPA_SALTY          DE Tryptophan synthase alpha chain OS=Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) GN=trpA PE=1 SV=1</font><br></span></blockquote></div>​<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><font face="monospace, monospace" size="1">SeqRecord(seq=Seq('MERYENLFAQLNDR-REG-AFVPFVTLG-D--PGIEQSLKIIDTLIDAGADALE...SRA', SingleLetterAlphabet()), id='sp|P00929|TRPA_SALTY', name='sp|P00929|TRPA_SALTY', description='Tryptophan synthase alpha chain OS=Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) GN=trpA PE=1 SV=1', dbxrefs=[])</font></blockquote><div><br></div><div>I am genuinely surprised that HMMER outputs this weird format. Would it be an option to verify if such formatting exists (regex?) in a GS line and if so break it accordingly, or is this a remote edge case and the added overhead is just too much?</div><div><br></div><div>My original question was why does AlignIO ignore "custom" annotations it doesn't know, while writing (<a href="https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/AlignIO/StockholmIO.py#L254" target="_blank">StockholmIO, line 254</a>)?<br></div></div>