<div dir="ltr">Hi All, <div><br></div><div>There is at least one JSON specification for phylogenies. The Open Tree of Life project (<a href="http://opentreeoflife.org/">http://opentreeoflife.org/</a>) uses a json "translation" of nexml they call nexson: <a href="https://opentree.wikispaces.com/NexSON">https://opentree.wikispaces.com/NexSON</a>.</div><div><br></div><div>There is python code that handles at least some reading/writing ofthe format: <a href="https://github.com/OpenTreeOfLife/peyotl">https://github.com/OpenTreeOfLife/peyotl</a></div><div><br></div><div>It's specific to open tree project, but it's at least something that's out there.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 9, 2015 at 3:21 PM, Fields, Christopher J <span dir="ltr"><<a href="mailto:cjfields@illinois.edu" target="_blank">cjfields@illinois.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Agreed.  This is veering towards the deadly sin of reinvention.  Instead of that, maybe a good look should be taken at the current XML tree formats to see if they can reasonably be represented in or translated to JSON.  And only if a JSON-based format doesn't already exist.<br>
<br>
Chris<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
> On Dec 9, 2015, at 4:12 PM, Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi Fabio,<br>
><br>
> You're right JSON has a lot of advantages (people said this about XML<br>
> too), but inventing your own file format is not something to be taken<br>
> lightly.<br>
><br>
> Are there really no pre-existing tree formats using JSON?<br>
><br>
> Peter<br>
><br>
>> On Wed, Dec 9, 2015 at 9:12 PM, Fabio Zanini <<a href="mailto:fabio.zanini@fastmail.fm">fabio.zanini@fastmail.fm</a>> wrote:<br>
>> Hi all,<br>
>><br>
>> I've been working with phylogenetic trees for a few years and found it<br>
>> very convenient to convert Bio.Phylo trees to/from JSON, e.g.<br>
>><br>
>> {'name': 'root', 'children': [<br>
>>  {'name': 'leaf1', 'branch_length': 0.01, children: []},<br>
>>  {'name': 'leaf2', 'branch_length': 0.02, children: []}]<br>
>> }<br>
>><br>
>> I would like to implement such import/export functions into Bio.Phylo if<br>
>> there is interest. Because Python has a JSON parser already, it's like<br>
>> 50 lines of code altogether.<br>
>><br>
>> The main arguments in favour of this are:<br>
>> - *JSON is standard for the web*, and the web is where all is moving<br>
>> (Jupyter, bokeh, but also specific tree-oriented web apps such as<br>
>> <a href="http://nextflu.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://nextflu.org</a>)<br>
>> - embedding metadata is trivial (just add more keys to those dicts!)<br>
>><br>
>> How's that sound, shall I make a github PR?<br>
>><br>
>> Cheers,<br>
>> Fabio<br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Biopython-dev mailing list<br>
>> <a href="mailto:Biopython-dev@mailman.open-bio.org">Biopython-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
>> <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev</a><br>
> _______________________________________________<br>
> Biopython-dev mailing list<br>
> <a href="mailto:Biopython-dev@mailman.open-bio.org">Biopython-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
> <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Biopython-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Biopython-dev@mailman.open-bio.org">Biopython-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>David Winter</div><div>Postdoctoral Research Associate</div><div>Center for Evolutionary Medicine and Informatics</div><div>The Biodesign Institute</div><div>Arizona State University</div><div><br></div><div>ph: +1 480 519 5113</div><div>w: <a href="http://www.david-winter.info" target="_blank">www.david-winter.info</a></div><div>lab: <a href="http://cartwrig.ht/lab/" target="_blank">http://cartwrig.ht/lab/</a></div><div>blog: <a href="http://sciblogs.co.nz/the-atavism" target="_blank">sciblogs.co.nz/the-atavism</a></div></div></div>
</div>