<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Fabio,<br><br></div>This is an interesting idea. I'm concerned that there are many ways to represent a tree as a JSON string, just as there are many ways to represent it in XML. Do any of the tree-oriented web apps you know of (including BioJS modules) accept JSON input in a specified way?<br><br></div>Cheers,<br></div>Eric<br><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 9, 2015 at 1:12 PM, Fabio Zanini <span dir="ltr"><<a href="mailto:fabio.zanini@fastmail.fm" target="_blank">fabio.zanini@fastmail.fm</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi all,<br>
<br>
I've been working with phylogenetic trees for a few years and found it<br>
very convenient to convert Bio.Phylo trees to/from JSON, e.g.<br>
<br>
{'name': 'root', 'children': [<br>
  {'name': 'leaf1', 'branch_length': 0.01, children: []},<br>
  {'name': 'leaf2', 'branch_length': 0.02, children: []}]<br>
}<br>
<br>
I would like to implement such import/export functions into Bio.Phylo if<br>
there is interest. Because Python has a JSON parser already, it's like<br>
50 lines of code altogether.<br>
<br>
The main arguments in favour of this are:<br>
- *JSON is standard for the web*, and the web is where all is moving<br>
(Jupyter, bokeh, but also specific tree-oriented web apps such as<br>
<a href="http://nextflu.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://nextflu.org</a>)<br>
- embedding metadata is trivial (just add more keys to those dicts!)<br>
<br>
How's that sound, shall I make a github PR?<br>
<br>
Cheers,<br>
Fabio<br>
<br>
<br>_______________________________________________<br>
Biopython-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Biopython-dev@mailman.open-bio.org">Biopython-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev</a><br></blockquote></div><br></div></div></div></div>