<div dir="ltr">Is there any plan for dealing with the external dependencies? My university is launching a cloud next year, and I thought I might put together some virtual machines to run some more extensive tests and coverage.<div><br></div><div>--</div><div>Ben Fulton</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Nov 27, 2015 at 4:30 AM, Peter Cock <span dir="ltr"><<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">On Thu, Nov 26, 2015 at 5:06 PM, Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br>
> On Thu, Nov 26, 2015 at 4:01 PM, Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br>
>> Hi all,<br>
>><br>
>> I've just been looking at <a href="https://codecov.io/" rel="noreferrer" target="_blank">https://codecov.io/</a> for logging unit test coverage,<br>
>> which can be used an add on on top of the GitHub and TravisCI with just<br>
>> a few small changes to the .travis.yml file ...<br>
><br>
> I'd forgotten about another option in this area, <a href="https://coveralls.io" rel="noreferrer" target="_blank">https://coveralls.io</a><br>
><br>
<br>
Tiago raised this on the list back in May,<br>
<a href="http://lists.open-bio.org/pipermail/biopython-dev/2015-May/020934.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.open-bio.org/pipermail/biopython-dev/2015-May/020934.html</a><br>
<br>
We had a good discussion about what to do with the online tests and<br>
those will many external dependencies - which otherwise get poor<br>
test coverage scores in our current TravisCI configuration. On a<br>
related point, I've been meaning to try the Mac OS X support under<br>
TravisCI out.<br>
<br>
I started comparing <a href="http://coveralls.io" rel="noreferrer" target="_blank">coveralls.io</a> and <a href="http://codecov.io" rel="noreferrer" target="_blank">codecov.io</a> yesterday, both using<br>
the same coverage data as input. It took a little tweaking to get them<br>
to report about the same overall coverage score:<br>
<br>
e.g. using my test branch and personal repository:<br>
<br>
<a href="https://codecov.io/github/peterjc/biopython?branch=codecov" rel="noreferrer" target="_blank">https://codecov.io/github/peterjc/biopython?branch=codecov</a><br>
<a href="https://coveralls.io/github/peterjc/biopython?branch=codecov" rel="noreferrer" target="_blank">https://coveralls.io/github/peterjc/biopython?branch=codecov</a><br>
<br>
It seems that for now <a href="http://codecov.io" rel="noreferrer" target="_blank">codecov.io</a> does a much better job of combining<br>
all the TravisCI build targets to give overall coverage - while <a href="http://coveralls.io" rel="noreferrer" target="_blank">coveralls.io</a><br>
seems to list each file once per build target.<br>
<br>
My overall impression so far is a preference for the CodeCov.io<br>
interface - it also seems to have a more responsive website.<br>
We could of course setup both.<br>
<br>
Peter<br>
_______________________________________________<br>
Biopython-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Biopython-dev@mailman.open-bio.org">Biopython-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython-dev</a><br>
</blockquote></div><br></div>