<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div><br></div><div>I have prepared a pull request to try implementing the translation of gapped sequences (thanks Peter for guidelines!).</div><div><br></div><div>The code will infer the gap character from the Seq object's given alphabet. If the alphabet is not present if can optionally accept a gap character, then it will return a protein sequence with gaps, otherwise it will raise a Translation error.</div><div><br></div><div>At least for me, the change will allow simplify the code of my projects. However, this implementation might bite you if you are expecting a TranslationError from trying to translate a gapped sequence. Instead you will get back a gapped protein sequence (if you gap consists of dashes "-").</div><div><br></div><div>Is this change desirable for the Biopython project? I noticed that the scikit-bio project does not implement gapped translations: <a href="https://github.com/biocore/scikit-bio">https://github.com/biocore/scikit-bio</a> but I don't know why.</div><div><br></div><div><br></div><div>cheers</div><div><br></div><div><br></div><div>carlos</div><div><br></div><div><br clear="all"><div><div class="gmail_signature">Dr. Carlos Peña<br>Laboratory of Genetics<br>Department of Biology<br>University of Turku<br>20014 Turku<br>FINLAND<br><br>* Associate Editor: Revista peruana de Biología<br><a href="http://is.gd/TwbW" target="_blank">http://is.gd/TwbW</a><br><br>* The Nymphalidae Systematics Group<br><a href="http://nymphalidae.utu.fi/db.php" target="_blank">http://nymphalidae.utu.fi/db.php</a></div></div>
</div></div>