<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 10, 2015 at 2:18 AM, Peter Cock <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On Tue, Jun 9, 2015 at 8:17 PM, Eric Talevich &lt;<a href="mailto:eric.talevich@gmail.com">eric.talevich@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; On Thu, Jun 4, 2015 at 3:44 AM, Peter Cock &lt;<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; This would be great to have merged - pathological test cases<br>
&gt;&gt; and interconversion too :)<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Did we settle on a plan for parent/child relationships in<br>
&gt;&gt; SeqFeature objects (beyond deprecating sub_features<br>
&gt;&gt; which has been replaced with CompoundLocations)?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Peter<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; The last thread I see on this topic is from the end of summer 2012:<br>
&gt; <a href="http://mailman.open-bio.org/pipermail/biopython-dev/2012-July/018979.html" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/pipermail/biopython-dev/2012-July/018979.html</a><br>
&gt; (thread)<br>
&gt; <a href="http://mailman.open-bio.org/pipermail/biopython-dev/2012-September/019101.html" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/pipermail/biopython-dev/2012-September/019101.html</a><br>
&gt; (terminal)<br>
&gt;<br>
&gt; I&#39;m a bit confused because the CompoundLocation class exists in<br>
&gt; Bio/SeqFeature.py, and git blame says it was written in late 2011 -- Peter&#39;s<br>
&gt; Time Machine in action? Does the f_loc5 branch modify the existing<br>
&gt; CompoundLocation class, then?<br>
<br>
</span>Old commits rebased to master; perhaps a merge would have<br>
been clearer? As far as I recall, f_loc5 or whatever the final<br>
iteration of this was, is all in the master now.<br></blockquote><div><br></div><div>That&#39;s great, I didn&#39;t realize this had landed already. Sorry for the confusion.<br><br></div><div>So I suppose the remaining tasks are, in no particular order:<br><br></div><div>- Add/port Brad&#39;s GFF-GenBank converters and tests to Biopython. Ensure all the tests pass.<br><br></div><div>- Enable GFF3 support by merging or porting from Brad&#39;s branch, bcbb/gff, or gffutils?<br></div><div><br></div><div>- See about merging Lenna&#39;s GSoC 2012 work. This was based on the f_loc4, not the landed f_loc5, so this won&#39;t be a clean merge. Further discussion needed.<br></div><div><br><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

So I think we&#39;re ready to remove the sub_features attribute (and<br>
theĀ  associated code in the GenBank parser etc which populates it).<br></blockquote><div><br></div><div>Can we do that before deciding how to represent parent/child relationships?<br><br><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

What to add for parent/child relationships between features is<br>
yet to be decided.<span class=""><br></span></blockquote></div><br></div><div class="gmail_extra">I wonder if we can follow the lead of one of the GFF implementations mentioned above.<br><br></div><div class="gmail_extra">Has this been discussed in a more recent thread that I didn&#39;t link here?<br><br></div><div class="gmail_extra">-Eric<br></div></div>