<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I got a notification from Landscape.io today about a repo of mine and decided to check Biopython&#39;s. I focused only on the Bio.PDB module and friends. Besides cleaning indentation problems and others, a few questions arose:</div><div><br></div><div><ul><li>Is Bio.PDB.mmCIF (the folder with the lex.yy files) still used at all? Otherwise we could remove it.</li></ul><ul><li>DSSP is silently ignoring errors. Running the function dssp_dict_from_pdb_file on a bad PDB file does not give any hint the process failed. I added a warning in case STDERR is not empty and an exception in case this happens and STDOUT is empty.</li></ul><ul><li>Same with NACCESS. Added a warning and an exception in case of failure. Checks if the rsa and asa files are not created.<br></li></ul></div><div><br></div><div>Issued a pull request with all these changes. Feel free to apply or cherry-pick the white-space and cleaning only. All tests passed here on my machine.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>João</div></div>