<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><div class="gmail_default" style="font-size:12.8000001907349px">Dear BioPython developers,</div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8000001907349px">There has been dozens of workflow management systems but most of them require users to learn a new system and even a new language. Because of the strong need to convert shell commands to pipelines with advanced execution features, we have developed a light-weight bioinformatics pipeline system with emphasis on readability and sharing. The system uses .ini format for pipeline specification (in comparison to XML format used by many other systems such as galaxy) and specifies the core of pipelines (actions and file flow) in a highly condensed and readable way. This makes it easier for users to share pipelines with collaborators, adapt them to local running environment, and update them for newer versions of tools and annotation sources. The system <span style="font-size:12.8000001907349px">uses a number of Python features in its pipeline specification system (e.g. use of python expressions and lambda functions) and uses Python for user-defined actions.</span><span style="font-size:12.8000001907349px"> </span></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8000001907349px">This tool has been developed and used by the variant tools community for a while (<span style="font-size:12.8000001907349px">tentatively named VPT, </span><a href="http://varianttools.sourceforge.net/Pipeline/HomePage" target="_blank" style="font-size:12.8000001907349px">http://varianttools.sourceforge.net/Pipeline/HomePage</a><span style="font-size:12.8000001907349px">, with features described in a powerpoint presentation on its home page</span>). As a general pipeline management tool that has been applied to many other areas such as RNA seq data analysis, VPT <span style="font-size:12.8000001907349px">does not really belong to variant tools so we are thinking of moving it out of variant tools. Because BioPython does not currently provide such a module, I am writing to see if there is any interest in merging VPT to BioPython. It would most likely be a complete re-design and re-implementation after incorporating your ideas but we are willing to contribute the code to BioPython if you consider it as a valuable addition to BioPython. In addition to the existing features, I am thinking of actions that make use of BioPython&#39;s ability to query databases, and functions to convert VPT pipelines to other systems such as Galaxy and Taverna. </span></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">Thank you very much for your attention and please feel free to let me know if you have any question or suggestion. If you are wondering about my qualification, I am the author of a Python-based population genetics simulation program simuPOP and had a long history of contributing to open source projects such as the LyX project (former core developer).</span></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8000001907349px">Bo</div></div></div>