<html>

  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    Hello,

    <br>

    <br>

    It looks like SwissProt can parse old version uniprot_sprot data

    file, but fails with the current version data file. Below is how to

    replicate the error (Biopython version is '1.64').

    <br>

    <br>

    Regards,

    <br>

    <br>

    Jinghua

    <br>

    ----------------------

    <br>

    <br>

    First download the current uniprot_sprot data file (~72 MB in size)

    at <a class="moz-txt-link-freetext"

href="ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/taxonomic_divisions/uniprot_sprot_human.dat.gz">ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/taxonomic_divisions/uniprot_sprot_human.dat.gz</a>

    <br>

    <br>

    Then in IPython, using SwissProt to parse the downloaded data file:

    <br>

    <br>

    In [1]: from Bio import SwissProt

    <br>

    <br>

    In [2]: import gzip

    <br>

    <br>

    In [3]: inhandle = gzip.open('./uniprot_sprot_human.dat.gz')

    <br>

    <br>

    In [4]: reader = SwissProt.parse(inhandle)

    <br>

    <br>

    In [5]: for r in reader:

    <br>

    &nbsp;&nbsp; ...:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pass

    <br>

    &nbsp;&nbsp; ...:

    <br>

---------------------------------------------------------------------------

    <br>

    AssertionError&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Traceback (most recent

    call last)

    <br>

    &lt;ipython-input-5-c04351d992d2&gt; in &lt;module&gt;()

    <br>

    ----&gt; 1 for r in reader:

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pass

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3

    <br>

    <br>

    <i class="moz-txt-slash"><span class="moz-txt-tag">/</span>usr/local/lib/python2.7/dist-packages/Bio/SwissProt<span

        class="moz-txt-tag">/</span></i>__init__.pyc in parse(handle)

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 115 def parse(handle):

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 116&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; while True:

    <br>

    --&gt; 117&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; record = _read(handle)

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 118&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; if not record:

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 119&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; return

    <br>

    <br>

    <i class="moz-txt-slash"><span class="moz-txt-tag">/</span>usr/local/lib/python2.7/dist-packages/Bio/SwissProt<span

        class="moz-txt-tag">/</span></i>__init__.pyc in _read(handle)

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 182&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; elif key == 'RN':

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 183&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; reference = Reference()

    <br>

    --&gt; 184&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _read_rn(reference, value)

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 185&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; record.references.append(reference)

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 186&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; elif key == 'RP':

    <br>

    <br>

    <i class="moz-txt-slash"><span class="moz-txt-tag">/</span>usr/local/lib/python2.7/dist-packages/Bio/SwissProt<span

        class="moz-txt-tag">/</span></i>__init__.pyc in

    _read_rn(reference, rn)

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 407

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 408 def _read_rn(reference, rn):

    <br>

    --&gt; 409&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; assert rn[0] == '[' and rn[-1] == ']', "Missing

    brackets %s" % rn

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 410&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; reference.number = int(rn[1:-1])

    <br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; 411

    <br>

    <br>

    AssertionError: Missing brackets [1] {ECO:0000305,

    ECO:0000312|EMBL:AAK11482.1}

    <br>

    <br>

    <br>

    <br>

  </body>

</html>