<div dir="ltr"><div>Hello Kai,<br><br>Interesting question (although I'm viewing it from a Python and Biopython perspective).</div><div><br></div><div><a href="https://mariadb.com/kb/en/upgrading-from-mysql-to-mariadb/">https://mariadb.com/kb/en/upgrading-from-mysql-to-mariadb/</a> suggests this should</div><div>just work, with existing MySQL bindings treating MariaDB as a newer version.</div><div><br></div><div>It sounds like your set is breaking in the Perl module DBD::mysql?<br></div><div><a href="https://metacpan.org/dist/DBD-mysql">https://metacpan.org/dist/DBD-mysql</a></div><div><br></div><div>Looking at the change log there are entries from this year, and multiple mentions</div><div>of MariaDB - so I would expect this to work:</div><div><a href="https://metacpan.org/release/DVEEDEN/DBD-mysql-5.008/source/Changes">https://metacpan.org/release/DVEEDEN/DBD-mysql-5.008/source/Changes</a></div><div><br></div><div>Can you take a look at their issue tracker <a href="https://github.com/perl5-dbi/DBD-mysql">https://github.com/perl5-dbi/DBD-mysql</a></div><div>and see if you've hit a known issue?</div><div><br></div><div>Also can you double check the version of DBD::mysql you have installed?</div><div><br></div><div>Peter<br></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Aug 30, 2024 at 12:15 PM Schlachter, Kai <<a href="mailto:kai.schlachter@dkfz-heidelberg.de">kai.schlachter@dkfz-heidelberg.de</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg-8182923572737763296">





<div lang="DE" style="overflow-wrap: break-word;">
<div class="m_-8182923572737763296WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi there,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I took over an older project to modernize the underlaying hardware / software.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">This also involves the use of gbrowse, which in turn relies quite a lot on BioPerl.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">As our freshly provided servers are all Debian based and we are highly encouraged to use a most recent version of Debian inside of our containers (docker), I ran into the following issue:<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Debian no longer supports MySQL but has switched to MariaDB, which leads me to the following:<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I tried to install gbrowse, resolving all the dependencies and stuff that came along. I also was able to compile the DBD::MariaDB as this is the required module for MariaDB-Connections.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">However I was not able to find a Module in Bio::DB:SeqFeature:Store::DBI called MariaDB, there is only Mysql :(<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Although both adaptors should share at least some basic functionality, it is not possible to install the Mysql-Version on a recent Debian because DBD::MySQL will refuse to work with mariadb because of a version mismatch
 (expected 8.x but reported 10.y).<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Are there any plans / ideas to add mariadb support to the modules?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I am not an original perl programmer so I don’t think it’s a good idea to start implementing / contributing with such a complex thing.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Greetings,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Kai<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
Bioperl-l mailing list<br>
<a href="mailto:Bioperl-l@bioperl.org" target="_blank">Bioperl-l@bioperl.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l</a><br>
</div></blockquote></div>