<div dir="auto">Thanks Chris! I updated it so that bio seqio objects can be input also. There is now a bioperl example too. </div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Jun 21, 2017 23:50, "Fields, Christopher J" <<a href="mailto:cjfields@illinois.edu">cjfields@illinois.edu</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">







<div bgcolor="white" lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="m_6022391261230674684WordSection1">
<p class="MsoNormal">It’s probably best as a standalone library, particularly if it’s very focused on this specific need.  Saying that, I could see you adding code or a simple example script that would (as an example) read in sequences via Bioperl and perform
 kmer-based analyses on them.  Not that reading FASTQ via bioperl is very fast…<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">chris<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">Lee Katz <<a href="mailto:lskatz@gmail.com" target="_blank">lskatz@gmail.com</a>><br>
<b>Date: </b>Wednesday, June 21, 2017 at 8:16 PM<br>
<b>To: </b>Chris Fields <<a href="mailto:cjfields@illinois.edu" target="_blank">cjfields@illinois.edu</a>><br>
<b>Cc: </b>"<<a href="mailto:bioperl-l@lists.open-bio.org" target="_blank">bioperl-l@lists.open-bio.org</a><wbr>>" <<a href="mailto:bioperl-l@mailman.open-bio.org" target="_blank">bioperl-l@mailman.open-bio.<wbr>org</a>><br>
<b>Subject: </b>Re: [Bioperl-l] Kmer counting<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">Yes this is what I mean but having looked at what I might need to change to make it bioperl-esque, I am thinking of just keeping it as standalone.  I appreciate what you are offering but I think for now I will keep
 it as-is until I get a little more free time :)<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">On Tue, Jun 20, 2017 at 10:47 PM, Fields, Christopher J <<a href="mailto:cjfields@illinois.edu" target="_blank">cjfields@illinois.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">
Hi Lee, <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">
 <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">
Missed this email, apologies.  This primarily depends on how it would fit within Bioperl; since it’s primarily stand-alone and doesn’t require Bioperl, it probably doesn’t need to be in core.  We can certainly include it in the other Bio* distributions on the
 github page if needed (and add you to the repo as primary admin).  Is this what you mean?<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">
 <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">
Thanks,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">
 <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">
chris<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">
 <u></u><u></u></p>
<div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal" style="margin-left:1.0in">
<b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From: </span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">Bioperl-l <bioperl-l-bounces+cjfields=<a href="mailto:illinois.edu@mailman.open-bio.org" target="_blank">il<wbr>linois.edu@mailman.open-bio.<wbr>org</a>> on behalf
 of Lee Katz <<a href="mailto:lskatz@gmail.com" target="_blank">lskatz@gmail.com</a>><br>
<b>Date: </b>Tuesday, June 6, 2017 at 12:17 PM<br>
<b>To: </b>"<<a href="mailto:bioperl-l@lists.open-bio.org" target="_blank">bioperl-l@lists.open-bio.org</a><wbr>>" <<a href="mailto:bioperl-l@mailman.open-bio.org" target="_blank">bioperl-l@mailman.open-bio.<wbr>org</a>><br>
<b>Subject: </b>[Bioperl-l] Kmer counting</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:1.0in">
 <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:1.0in">
Hi, I was wondering if my module Bio::Kmer fits with bioperl. I put it onto cpan and have basic unit tests, but it doesn't inherit anything from bioperl. <u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><br>
<br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">-- <u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">Lee Katz<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div></div>