<div dir="ltr"><div><div>Hi all,<br><br><p>I have been using a script to parse GenBank files to find taxonomic 
information corresponding to bacterial genomes. After several tries, my 
script has failed with the following error:</p>
<p>...<br>
<code>Bacteria_Actinobacteria_Streptomycetales_Streptomycetaceae_Streptomyces_Streptomyces_sp._4F</code><br>
<code>Bacteria_Actinobacteria_Streptomycetales_Streptomycetaceae_Streptomyces_Streptomyces_glaucescens</code><br>
<code>--------------------- WARNING ---------------------</code><br>
<code>MSG: Unbalanced quote in:</code><br>
<code>/locus_tag="M271_25565"</code><br>
<code>/inference="COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS+"</code><br>
<code>/note="Derived by automated computational analysis using</code><br>
<code>gene prediction method: GeneMarkS+."</code><br>
<code>/codon_start=1</code><br>
<code>/transl_table=11</code><br>
<code>/product="membrane protein"</code><br>
<code>/protein_id="YP_008791527.1"</code><br>
<code>/db_xref="GeneID:17596261"</code><br>
<code>/translation="MPSPTSLAPAGPTATPTRTTATARRLMAICGTLLAALLCALSVG</code><br>
<code>ANSASAHAALTSTDPADGSVVKTAPREVTLNFSEGVLLSGDSVRVLDPKGKRVDTGKT</code><br>
<code>AHVDGKSSTAAAGLHSGLPDG Error: External viewer error: Empty Response. Bytes read: 0 Status:</code> <code>TimeoutNo further qualifiers will be added for this feature</code><br>
---------------------------------------------------`</p>
<p>After this, the script seems to halt for hours at least, if not indefinitely...<br>
Is this a BioPerl or GenBank issue? Any help would be appreciated.</p></div>Thanks,<br></div>Jon Moller<br clear="all"><div><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Abraham (Jon) Moller<div>Microbiology and Chemistry | 2016</div><div>Cell, Molecular, and Structural Biology (CMSB) BS/MS | Liang Bioinfo Lab</div><div>Microbiology Club President </div><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div>