<div dir="ltr">If I may, within the bppSuite package (<a href="http://biopp.univ-montp2.fr/wiki/index.php/BppSuite">http://biopp.univ-montp2.fr/wiki/index.php/BppSuite</a>), the bppML program allows to replicate codeML dN/dS estimates (and much more), tough it is arguably a more difficult software to install and master than codeML.<div><br></div><div>Cheers,</div><div>--</div><div>Tristan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 12, 2017 at 4:07 PM, Carnë Draug <span dir="ltr"><<a href="mailto:carandraug+dev@gmail.com" target="_blank">carandraug+dev@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On 12 January 2017 at 14:54, Roy Chaudhuri <<a href="mailto:roy.chaudhuri@gmail.com">roy.chaudhuri@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi Carnë,<br>
><br>
> Not sure if you have seen this thread on the PAML Google group?:<br>
> <a href="https://groups.google.com/forum/#!topic/pamlsoftware/NFu_lNBoAEA" rel="noreferrer" target="_blank">https://groups.google.com/<wbr>forum/#!topic/pamlsoftware/<wbr>NFu_lNBoAEA</a><br>
><br>
> Perhaps you could offer to help there? Professor Yang specifically states on<br>
> the website that he will not answer queries about PAML by e-mail.<br>
><br>
<br>
</span>I did see that thread.  I also saw that he hasn't replied on that<br>
group for a while.<br>
<br>
I did not read that on his website.  My interpretation was that it's<br>
ok to email him about PAML such as reporting bugs, but not questions<br>
about how to use the programs.  Anyway, I will add my voice to<br>
that thread on the google group too.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Carnë<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Bioperl-l mailing list<br>
<a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/<wbr>mailman/listinfo/bioperl-l</a></div></div></blockquote></div><br></div>