<div dir="ltr"><div class="gmail_default"><div><font face="tahoma, sans-serif"><font color="#000000">I have experienced that Bio::DB::Taxonomy::entrez->get_taxon() dies when pulling the taxon object for taxon ids corresponding to </font><i style="color:rgb(0,0,0)">some</i><font color="#000000"> of the top level taxons (</font><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Root&id=1&lvl=3&keep=1&srchmode=1&unlock" target="_blank" class="" id="LPlnk806221" style="color:rgb(0,0,0)">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Root&id=1&lvl=3&keep=1&srchmode=1&unlock</a><font color="#000000">). Specifically, I have found that get_taxon() dies when querying taxon ids corresponding to "cellular organisms" (131567), viroids (12884), viruses (10239), unclassified (12908), and "other sequences" (28384). Below is code demonstrating the error. I think this is a bug because get_taxon() should always return a taxon object for a valid taxon id.</font></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">Best,</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">Karsten</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">## $db->get_taxon() working as intended:<br></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">perl -MBio::DB::Taxonomy -we '$db=Bio::DB::Taxonomy->new(-source=>"entrez"); @taxonids=$db->get_taxonids("bacteria"); print join(" : ", @taxonids)."\n"; $taxon=$db->get_taxon(@taxonids); print "Pass:\t"; print $taxon->scientific_name."\n";'</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">2</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">Pass:<span class="" style="white-space:pre"> </span>Bacteria</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">## $db->get_taxon() fails to pull the taxon object for viruses</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">perl -MBio::DB::Taxonomy -we '$db=Bio::DB::Taxonomy->new(-source=>"entrez"); @taxonids=$db->get_taxonids("viruses"); print join(" : ", @taxonids)."\n"; $taxon=$db->get_taxon(@taxonids); print "Pass:\t"; print $taxon->scientific_name."\n";'</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">10239</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">Can't call method "children" on an undefined value at /Users/ksieber/perl5/lib/perl5/Bio/DB/Taxonomy/<a href="http://entrez.pm">entrez.pm</a> line 361.</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">## $db->get_taxon() fails with unclassified</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><div><font face="tahoma, sans-serif">perl -MBio::DB::Taxonomy -we '$db=Bio::DB::Taxonomy->new(-source=>"entrez"); @taxonids=$db->get_taxonids("unclassified"); print join(" : ", @taxonids)."\n"; $taxon=$db->get_taxon(@taxonids); print "Pass:\t"; print $taxon->scientific_name."\n";'<br></font></div><div><font face="tahoma, sans-serif">12908</font></div><div><font face="tahoma, sans-serif">Can't call method "children" on an undefined value at /Users/ksieber/perl5/lib/perl5/Bio/DB/Taxonomy/<a href="http://entrez.pm">entrez.pm</a> line 361</font></div></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><span style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">## fresh Bio::Perl install from the github repo 07.11.2016</font></span><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0)"></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;color:rgb(0,0,0)"></p><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">perl -MBio::Perl -e 'print Bio::Perl->VERSION . "\n";'</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif">1.006924</font></div></div></div>