<p dir="ltr">Awesome Roy, thanks ! </p>
<div class="cm_quote" style=" color: #787878">On Tue, May 31, 2016 at 11:39 
AM, Roy Chaudhuri <<a 
href="mailto:roy.chaudhuri@gmail.com">roy.chaudhuri@gmail.com</a>> 
wrote:</div><br><div id="oldcontent" style="background: rgb(255, 255, 
255);"><blockquote style=""><p dir="ltr">Hi Stephane,<br>
<br>
Please remember to copy in the mailing list on replies. In my tests, a <br>
leading space doesn't make any difference to the issue - Bio::SeqIO <br>
still tries to read from the pipe rather than writing to it.<br>
<br>
Mark - I have opened an issue on github:<br>
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues/153<br>
<br>
I think the issue is the regex in Bio::Root::IO->cleanfile not <br>
recognising a leading pipe character as indicating a "write" filehandle.<br>
<br>
Cheers,<br>
Roy.<br>
<br>
On 31/05/2016 15:58, Stephane Plaisance | VIB | wrote:<br>
> Thanks a lot Roy,<br>
><br>
> I found that a leading space before the pipe and possibly the space 
directly after it were guilty, leading to the executable not found although 
fully provided with path ??? what works is<br>
>>> -file => " |$bgzip -c >  $outfile\.gz")<br>
><br>
> but you fh version is precious and I will record it for future use.<br>
><br>
> Thanks!<br>
> stephane<br>
><br>
>> On 31 May 2016, at 16:45, Roy Chaudhuri 
<roy.chaudhuri@gmail.com> wrote:<br>
>><br>
>> Hi Stephane,<br>
>><br>
>> According to the SeqIO docs your way should work, so this is 
probably a bug. However, Bio::SeqIO can accept a filehandle instead using 
the -fh option, so as a workaround you could try something like this:<br>
>><br>
>> open my $fh, '|$bgzip -c > $outfile.gz' or die $!;<br>
>> $seq_out=Bio::SeqIO->newFh(-format=>'fasta', -fh=>$fh);<br>
>><br>
>> Cheers,<br>
>> Roy.<br>
>><br>
>> On 31/05/2016 15:06, Stephane Plaisance | VIB | wrote:<br>
>>> Dear,<br>
>>> I try to bgzip my fasta outpmut fbut have an issue<br>
>>><br>
>>><br>
>>> my $seq_out;<br>
>>> if ( defined($zipit) ) {<br>
>>>    my $bgzip = `which bgzip`;<br>
>>>    chomp($bgzip);<br>
>>>    die "No bgzip command available\n" unless ( $bgzip );<br>
>>>    $seq_out = Bio::SeqIO -> newFh( -format => 'Fasta', 
-file => "  | $bgzip -c >  $outfile\.gz");<br>
>>> } else {<br>
>>>    $seq_out = Bio::SeqIO -> newFh( -format => 'Fasta', 
-file => ">$outfile" );<br>
>>> }<br>
>>><br>
>>> the code fails although bgzip is in my path and the  
$bgzip variable sets it right<br>
>>> Any help is very welcome<br>
>>><br>
>>> Stephane<br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> Bioperl-l mailing list<br>
>>> Bioperl-l@mailman.open-bio.org<br>
>>> http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l<br>
>>><br>
><br>
</p>
</blockquote></div>