<p dir="ltr">Stephane, Roy<br>
Can we open issue at github, bioperl-live ? <br>
Mark</p>
<div class="cm_quote" style=" color: #787878">On Tue, May 31, 2016 at 10:53 
AM, Roy Chaudhuri <<a 
href="mailto:roy.chaudhuri@gmail.com">roy.chaudhuri@gmail.com</a>> 
wrote:</div><br><div id="oldcontent" style="background: rgb(255, 255, 
255);"><blockquote style=""><p dir="ltr">Hi Stephane,<br>
<br>
According to the SeqIO docs your way should work, so this is probably a <br>
bug. However, Bio::SeqIO can accept a filehandle instead using the -fh <br>
option, so as a workaround you could try something like this:<br>
<br>
open my $fh, '|$bgzip -c > $outfile.gz' or die $!;<br>
$seq_out=Bio::SeqIO->newFh(-format=>'fasta', -fh=>$fh);<br>
<br>
Cheers,<br>
Roy.<br>
<br>
On 31/05/2016 15:06, Stephane Plaisance | VIB | wrote:<br>
> Dear,<br>
> I try to bgzip my fasta outpmut fbut have an issue<br>
><br>
><br>
> my $seq_out;<br>
> if ( defined($zipit) ) {<br>
>    my $bgzip = `which bgzip`;<br>
>    chomp($bgzip);<br>
>    die "No bgzip command available\n" unless ( $bgzip );<br>
>    $seq_out = Bio::SeqIO -> newFh( -format => 'Fasta', -file => 
"  | $bgzip -c >  $outfile\.gz");<br>
> } else {<br>
>    $seq_out = Bio::SeqIO -> newFh( -format => 'Fasta', -file => 
">$outfile" );<br>
> }<br>
><br>
> the code fails although bgzip is in my path and the  $bgzip 
variable sets it right<br>
> Any help is very welcome<br>
><br>
> Stephane<br>
> _______________________________________________<br>
> Bioperl-l mailing list<br>
> Bioperl-l@mailman.open-bio.org<br>
> http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l<br>
><br>
_______________________________________________<br>
Bioperl-l mailing list<br>
Bioperl-l@mailman.open-bio.org<br>
http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l<br>
</p>
</blockquote></div>