<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Matthew,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">I'm not sure about any Bioperl modules (hopefully somebody else will chime in). But there are several routes for help on this matter.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><div class="gmail_default">1. Reply back to this message showing enough of your sequence file and your list of 8 barcodes so we can provide further advice.</div><div class="gmail_default">2. Post your question to <a href="http://stackoverflow.com/">http://stackoverflow.com/</a>. Here though, you want to make sure follow guidelines found <a href="http://stackoverflow.com/help/mcve">here</a> and <a href="http://stackoverflow.com/help/how-to-ask">here</a>.<br></div></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">3. Post your question to<a href="https://www.biostars.org/"> https://www.biostars.org/</a>. They probably have similar links for how to ask a good question like stackoverflow but I do'nt have the links for them.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Paul</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><span style="font-family:times new roman,serif">Paul Cantalupo<br>University of Pittsburgh</span><br></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, May 25, 2016 at 4:08 PM, Matthew <span dir="ltr"><<a href="mailto:mccormack@molbio.mgh.harvard.edu" target="_blank">mccormack@molbio.mgh.harvard.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Are there any BioPerl modules that would help to split a barcoded fastq file ?<br>
<br>
I have tried FASTX-toolkit, but it does not work on paired-end data.<br>
<br>
The file I have been given is paired-end but a single file, and I have a list of 8 or so 4 letter barcodes.<br>
<br>
<br>
Matthew<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Bioperl-l mailing list<br>
<a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org" target="_blank">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l</a><br>
</blockquote></div><br></div>