<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">I’m sure it is, just a another case of reinventing the wheel taking less time than reading the manual….<div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Liam.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 11 May 2016, at 12:18 PM, Fields, Christopher J <<a href="mailto:cjfields@illinois.edu" class="">cjfields@illinois.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class="">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" class="">

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
I think this functionality (mapping from long name to short PHYLIP-compatible and back) is in bioperl.  Would have to dig it up but I recall support being added many moons ago.
<div class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">chris</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On May 10, 2016, at 8:30 PM, Liam Elbourne <<a href="mailto:liam.elbourne@mq.edu.au" class="">liam.elbourne@mq.edu.au</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
I think it is 10 characters (sequence starts at character 11), not that two characters is worth quibbling about, I just map the original names to hex numbers (which I think is likely to cover the number of sequences one can realistically align…), and then swap
 out the hex codes when I’ve finished with the alignment/tree etc, for what that is worth…
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Liam.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 11 May 2016, at 9:00 AM, Torsten Seemann <<a href="mailto:torsten.seemann@infotech.monash.edu.au" class="">torsten.seemann@infotech.monash.edu.au</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
I only have a distance matrix derived from Mash and so I need a program to<br class="">
make a tree from distances.  I do not think I can use RAxML or Mr. Bayes,<br class="">
right?  </blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The PHYLIP format can be used for distance matrices, and PHYLIP has various tools to build trees from them:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/progs.data.dist.html" class="">http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/progs.data.dist.html</a><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The MASH dist output file is VERY close to being a valid .PHY file (If taxnames <= 8 chars) but Brian Ondov seems unwilling to implement it within MASH - see my issue here:
<a href="https://github.com/marbl/Mash/issues/9" class="">https://github.com/marbl/Mash/issues/9</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Torst</div>
<div class=""> </div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
Bioperl-l mailing list<br class="">
<a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org" class="">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br class="">
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l" class="">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
Bioperl-l mailing list<br class="">
<a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org" class="">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br class="">
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l" class="">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>

</div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>