<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">I only have a distance matrix derived from Mash and so I need a program to<br>
make a tree from distances.  I do not think I can use RAxML or Mr. Bayes,<br>
right?  </blockquote><div><br></div><div>The PHYLIP format can be used for distance matrices, and PHYLIP has various tools to build trees from them:</div><div><br></div><div><a href="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/progs.data.dist.html">http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/progs.data.dist.html</a><br></div><div><br></div><div>The MASH dist output file is VERY close to being a valid .PHY file (If taxnames <= 8 chars) but Brian Ondov seems unwilling to implement it within MASH - see my issue here: <a href="https://github.com/marbl/Mash/issues/9">https://github.com/marbl/Mash/issues/9</a></div><div><br></div><div>Torst</div><div> </div></div></div></div>