<div dir="ltr"><div><div>If I still remember my phylogenetics correctly, the bootstrapping process happens earlier, before a tree could be made. Bootstrapping is actually randomly resampling the characters used for tree construction. While TreeIO is only a tool to manipulate trees. You'll not only have to find some way to do resampling but also tree construction, which requires specialized applications. <br><br></div>Best. <br><br></div>Ke <br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 9, 2016 at 2:47 PM, lskatz <span dir="ltr"><<a href="mailto:lskatz@gmail.com" target="_blank">lskatz@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I'm rehashing this old topic because it seems like the most relevant to my<br>
question.<br>
<br>
After making a tree from a distance matrix, how would I calculate bootstrap<br>
values?  I have been shown that it can be done in R, but I would want a<br>
pure-perl method because the rest of my code revolves around BioPerl.<br>
<a href="http://www.inside-r.org/packages/cran/ape/docs/boot.phylo" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.inside-r.org/packages/cran/ape/docs/boot.phylo</a><br>
<br>
I think that I can use Bio::Tree::Statistics to make 100 trees and then<br>
combine them with<br>
<br>
e.g.,<br>
<br>
<br>
<br>
However, I would be making my own version of random or jack knifed trees and<br>
it wouldn't be as well validated as something centralized.  Before I go down<br>
this road... is there any kind of standardized method in BioPerl for making<br>
bootstrap values from a distance matrix?<br>
<br>
Or if not, does anyone have a suggestion on how to make the 100 trees from<br>
the matrix?<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
View this message in context: <a href="http://bioperl.996286.n3.nabble.com/Re-module-Bio-TreeIO-tp12257p17850.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://bioperl.996286.n3.nabble.com/Re-module-Bio-TreeIO-tp12257p17850.html</a><br>
Sent from the Bioperl-L mailing list archive at Nabble.com.<br>
_______________________________________________<br>
Bioperl-l mailing list<br>
<a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l</a><br>
</blockquote></div><br></div>