<p dir="ltr">Nooooooooo.......</p>
<div class="cm_quote" style=" color: #787878">On Wed, May 27, 2015 at 2:36 PM, Fields, Christopher J &lt;<a href="mailto:cjfields@illinois.edu">cjfields@illinois.edu</a>&gt; wrote:</div><br><div id="oldcontent" style="background-color: rgb(255, 255, 255); background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;"><blockquote style=""><p dir="ltr">This might argue for setting up bioperl-run on travis-ci :)</p>
<p dir="ltr">chris</p>
<p dir="ltr">&gt; On May 27, 2015, at 11:24 AM, Brian Osborne &lt;briano@bioteam.net&gt; wrote:<br>
&gt; <br>
&gt; Adam,<br>
&gt; <br>
&gt; All tests pass with the patched code?<br>
&gt; <br>
&gt; Thanks again,<br>
&gt; <br>
&gt; Brian O.<br>
&gt; <br>
&gt;&gt; On May 26, 2015, at 4:34 AM, Adam Sjøgren &lt;adsj@novozymes.com&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; <br>
&gt;&gt; Hi.<br>
&gt;&gt; <br>
&gt;&gt; I just noticed a problem with the temporary file names that<br>
&gt;&gt; Bio::Tools::Run::StandAloneWUBlast uses.<br>
&gt;&gt; <br>
&gt;&gt; wublast automatically tries to ungzip files that have names that match<br>
&gt;&gt; certain patterns - noticably files ending in "_Z".<br>
&gt;&gt; <br>
&gt;&gt; B:T:R:StandAloneWUBlast uses B:T:R:StandAloneBlast::_setinput() to<br>
&gt;&gt; generate a temporary file for the query sequence.<br>
&gt;&gt; <br>
&gt;&gt; _setinput() calls File::Temp::tempfile() without a SUFFIX (or a<br>
&gt;&gt; TEMPLATE), which means that when you are (un)lucky, the temporary file<br>
&gt;&gt; name becomes something like /tmp/i0311ckB_Z - which wublastp then tries<br>
&gt;&gt; to ungzip, which fails.<br>
&gt;&gt; <br>
&gt;&gt; I have created a pull request to add TEMPLATE and SUFFIX to<br>
&gt;&gt; B:T:R:StandAloneBlast::_setinput()'s calls to tempfile():<br>
&gt;&gt; <br>
&gt;&gt; * https://github.com/bioperl/bioperl-run/pull/15<br>
&gt;&gt; <br>
&gt;&gt; Best regards,<br>
&gt;&gt; <br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp; Adam<br>
&gt;&gt; <br>
&gt;&gt; -- <br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Adam Sjøgren<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; adsj@novozymes.com<br>
&gt;&gt; <br>
&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; Bioperl-l mailing list<br>
&gt;&gt; Bioperl-l@mailman.open-bio.org<br>
&gt;&gt; http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l<br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Bioperl-l mailing list<br>
&gt; Bioperl-l@mailman.open-bio.org<br>
&gt; http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l<br></p>
<p dir="ltr">_______________________________________________<br>
Bioperl-l mailing list<br>
Bioperl-l@mailman.open-bio.org<br>
http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l</p>
</blockquote></div>