<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>By running the following code in the BLAST report attached I get the following error:</div><div><div><br></div><div>------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------</div><div>MSG: Start/stop out of range [824, 1141]</div><div>STACK: Error::throw</div><div>STACK: Bio::Root::Root::throw /usr/local/share/perl/5.20.1/Bio/Root/Root.pm:449</div><div>STACK: Bio::Search::HSP::HSPI::matches_MT /usr/local/share/perl/5.20.1/Bio/Search/Tiling/MapTileUtils.pm:583</div><div>STACK: Bio::Search::Tiling::MapTiling::_calc_stats /usr/local/share/perl/5.20.1/Bio/Search/Tiling/MapTiling.pm:1163</div><div>STACK: Bio::Search::Tiling::MapTiling::length /usr/local/share/perl/5.20.1/Bio/Search/Tiling/MapTiling.pm:508</div><div>STACK: Bio::Search::Tiling::MapTiling::num_aligned /usr/local/share/perl/5.20.1/Bio/Search/Tiling/MapTiling.pm:694</div><div>STACK: Bio::Search::Tiling::MapTiling::frac_aligned /usr/local/share/perl/5.20.1/Bio/Search/Tiling/MapTiling.pm:668</div><div>STACK: blParse.pl:40</div><div>-----------------------------------------------------------</div></div><div><br></div><div>I used the following code:</div><div><div><br></div><div><font color="#0000ff">use strict;</font></div><div><font color="#0000ff">use warnings;</font></div><div><font color="#0000ff">use Bio::SearchIO;</font></div><div><font color="#0000ff">use Bio::Search::Tiling::MapTiling;</font></div><div><font color="#0000ff"><br></font></div><div><font color="#0000ff">my $searchio = Bio::SearchIO-&gt;new( -format =&gt; 'blast',</font></div><div><font color="#0000ff"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                                </span> &nbsp; -file &nbsp; =&gt; shift );</font></div><div><font color="#0000ff"><br></font></div><div><font color="#0000ff">my $gene;</font></div><div><font color="#0000ff"><br></font></div><div><font color="#0000ff">while ( my $result = $searchio-&gt;next_result() ) {</font></div><div><font color="#0000ff"><br></font></div><div><font color="#0000ff">&nbsp; &nbsp; $result-&gt;query_name =~ /(\S+_\S+)_i/;</font></div><div><font color="#0000ff">&nbsp; &nbsp; my $g = $1;</font></div><div><font color="#0000ff"><br></font></div><div><font color="#0000ff">&nbsp; &nbsp; while( my $hit = $result-&gt;next_hit ) {</font></div><div><font color="#0000ff">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</font></div><div><font color="#0000ff"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>my $tiling = Bio::Search::Tiling::MapTiling-&gt;new($hit);</font></div><div><font color="#0000ff"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>my $hsp &nbsp; &nbsp;= $hit-&gt;next_hsp;</font></div><div><font color="#0000ff"><br></font></div><div><font color="#0000ff"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>my $st &nbsp; &nbsp;= $hsp-&gt;query-&gt;strand == "1" ? "p" : "m";</font></div><div><font color="#0000ff"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>my $frame = $hsp-&gt;query-&gt;frame;</font></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"><font color="#0000ff">        </font></span></div><div><font color="#0000ff"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>my $context = $st.$frame;</font></div><div><font color="#0000ff"><br></font></div><div><font color="#0000ff"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>print $tiling-&gt;frac_aligned('query', 'exact', $context)."\n";</font></div><div><font color="#0000ff">&nbsp; &nbsp; }</font></div><div><font color="#0000ff">}</font></div></div><div><br></div><div>Any clues on how to deal with this error ?</div><div><br></div><div>Thanks in advance.</div><div>Thiago</div><div><br></div></div>