<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Just an update on this; I contacted Chris D. and Bundle::BioPerl is now on github:
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://github.com/bioperl/Bundle-BioPerl" class="">https://github.com/bioperl/Bundle-BioPerl</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I’ll work on pushing a new release up to CPAN, will post back when that is done.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">chris (f)</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jan 14, 2015, at 2:14 PM, Fields, Christopher J &lt;<a href="mailto:cjfields@illinois.edu" class="">cjfields@illinois.edu</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">Bundle::BioPerl is out of date. &nbsp;I’ll have to check in with Chris Dagdigian to see if we can update that, as it’s not on github.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Unless you are using NCBI and the ‘gene’ database, you won’t need Bio::ASN1::EntrezGene. &nbsp;The latest CPAN releases for both should still resolve the circular dependency though; not sure why you are running into this problem.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The github master version should technically be ‘1.007000_001’ or similar, not ‘1.006925’. &nbsp; I’ll have a look at that.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">chris</div>
<br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jan 13, 2015, at 5:23 PM, Shane McCoy &lt;<a href="mailto:shanemccoypdx@gmail.com" class="">shanemccoypdx@gmail.com</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">Hello!&nbsp;
<div class="">Not too familiar w/ Bioperl and want to make sure i've properly installed on my VM ubuntu 14.4 server w/ git.&nbsp;</div>
<div class="">
<div class=""><a href="http://www.bioperl.org/wiki/BioPerl_Dependencies" class="">http://www.bioperl.org/wiki/BioPerl_Dependencies</a></div>
<div class=""><a href="http://www.bioperl.org/wiki/Using_Git" class="">http://www.bioperl.org/wiki/Using_Git</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">sudo apt-get update</div>
<div class="">sudo apt-get upgrade</div>
<div class="">sudo apt-get check</div>
<div class="">sudo apt-get autoclean</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">sudo apt-get install build-essential git gcc</div>
<div class="">sudo apt-get install libexpat1 expat</div>
<div class="">sudo apt-get install libgd-dev &nbsp;(unable to locate libgd recommended on
<a href="http://gmod.org/wiki/BioPerl" class="">gmod.org/wiki/BioPerl</a> Dependencies Outside perl)</div>
<div class="">sudo apt-get install libssl-dev</div>
<div class="">sudo apt-get install libpq-dev</div>
<div class="">sudo apt-get install libdb-dev libperl-dev</div>
<div class="">sudo apt-get install libgd-gd2-perl</div>
<div class="">sudo apt-get install libxml2</div>
<div class="">sudo apt-get install libxml2-dev</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Installed local::lib manually for perl modules. Set environment path&nbsp;</div>
<div class="">echo '[ $SHLVL -eq 1 ] &amp;&amp; eval &quot;$(perl -I$HOME/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib)&quot;' &gt;&gt;~/.bashrc</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">cpan&gt; install Bundle::CPAN (archive::zip failed? pff!)&nbsp;</div>
<div class="">cpan&gt; install Bundle::BioPerl</div>
<div class="">Failed during this command:</div>
<div class="">&nbsp;LDS/AcePerl-1.92.tar.gz &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;: make_test NO</div>
<div class="">&nbsp;CJFIELDS/Bio-ASN1-EntrezGene-1.70.tar.gz &nbsp; &nbsp; : make_test NO</div>
<div class="">&nbsp;CAPTTOFU/DBD-mysql-4.029.tar.gz &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;: writemakefile NO '/usr/bin/perl Makefile.PL&nbsp;</div>
<div class="">and several more. missing packages etc and successfully installed except the above 3. Don't think i need those.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">sudo apt-get install libgd-gd2-perl</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
 git clone <a href="https://github.com/bioperl/bioperl-live.git" class="">
https://github.com/bioperl/bioperl-live.git</a>
&nbsp;</div>
<div class="">cd bioperl-live 
&nbsp;</div>
<div class="">perl Build.PL 
--fails - needs more modules</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Configuring C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gz with Build.PL</div>
<div class="">Checking prerequisites...</div>
<div class="">&nbsp; recommends:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Algorithm::Munkres&nbsp;</div>
<div class="">Array::Compare&nbsp;</div>
<div class="">Bio::Phylo&nbsp;</div>
<div class="">Convert::Binary::C&nbsp;</div>
<div class="">GraphViz</div>
<div class="">HTML::TableExtract is not installed</div>
<div class="">PostScript::TextBlock is not installed</div>
<div class="">SOAP::Lite&nbsp;</div>
<div class="">Net::SSLeay Crypt::SSLeay IO::Socket::SSL</div>
<div class="">Sort::Naturally&nbsp;</div>
<div class="">XML::LibXML&nbsp;</div>
<div class="">DBD::Pg&nbsp;</div>
<div class="">DBD::SQLite</div>
<div class="">(all above installed via CPAN)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Checking optional features...</div>
<div class="">EntrezGene............disabled</div>
<div class="">&nbsp; requires:</div>
<div class="">&nbsp; &nbsp; ! Bio::ASN1::EntrezGene is not installed</div>
<div class="">&nbsp;- starts installing bioperl&nbsp;</div>
<div class="">i let it run and it installed Bioperl fine via CPAN. &nbsp;build OK.&nbsp;</div>
<div class="">Installed bio::asn1::entrezgene &amp; bio::root::build</div>
<div class="">perl Build.PL</div>
<div class="">now needs Inline::C...</div>
<div class="">cpan&gt;install Inline::C</div>
<div class="">&nbsp;cd bioperl-live&nbsp;</div>
<div class="">
 perl Build.PL 
 -- fails. missing Manifest?</div>
<div class="">Build manifest</div>
<div class="">perl Build.PL --still fails</div>
<div class="">perl Build -- works</div>
<div class="">./Build test 
 --PASS</div>
<div class="">sudo ./Build install&nbsp;</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Installed / passed tests OK.&nbsp;</div>
<div class="">Added;</div>
<div class="">export PERL5LIB=&quot;$HOME/bioperl-live:$PERL5LIB&quot;</div>
<div class="">to .bashrc</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">So i've installed via CPAN which i didn't really want, but couldn't run Build.PL w/o prereq Bio::ASN1::EntrezGene which starts installing bioperl. What should i have done differently?&nbsp;</div>
<div class="">i still did Build w/ Git clone, but when i check Version i get 1.006924. I thought the bioperl-live version was 1.006925? i set the environment variable in bashrc for bioperl-live.&nbsp;</div>
<div class="">Ok, thanks for your time! Just want to make sure i'm doing this correctly.&nbsp;</div>
<div class="">Shane</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
Bioperl-l mailing list<br class="">
<a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org" class="">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br class="">
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l" class="">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
_______________________________________________<br class="">
Bioperl-l mailing list<br class="">
<a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org" class="">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br class="">
http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>