<div dir="ltr">Hello! <div>Not too familiar w/ Bioperl and want to make sure i&#39;ve properly installed on my VM ubuntu 14.4 server w/ git. </div><div><div><a href="http://www.bioperl.org/wiki/BioPerl_Dependencies">http://www.bioperl.org/wiki/BioPerl_Dependencies</a></div><div><a href="http://www.bioperl.org/wiki/Using_Git">http://www.bioperl.org/wiki/Using_Git</a></div><div><br></div><div>sudo apt-get update</div><div>sudo apt-get upgrade</div><div>sudo apt-get check</div><div>sudo apt-get autoclean</div><div><br></div><div>sudo apt-get install build-essential git gcc</div><div>sudo apt-get install libexpat1 expat</div><div>sudo apt-get install libgd-dev  (unable to locate libgd recommended on <a href="http://gmod.org/wiki/BioPerl">gmod.org/wiki/BioPerl</a> Dependencies Outside perl)</div><div>sudo apt-get install libssl-dev</div><div>sudo apt-get install libpq-dev</div><div>sudo apt-get install libdb-dev libperl-dev</div><div>sudo apt-get install libgd-gd2-perl</div><div>sudo apt-get install libxml2</div><div>sudo apt-get install libxml2-dev</div><div><br></div><div>Installed local::lib manually for perl modules. Set environment path </div><div>echo &#39;[ $SHLVL -eq 1 ] &amp;&amp; eval &quot;$(perl -I$HOME/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib)&quot;&#39; &gt;&gt;~/.bashrc</div><div><br></div><div>cpan&gt; install Bundle::CPAN (archive::zip failed? pff!) </div><div>cpan&gt; install Bundle::BioPerl</div><div>Failed during this command:</div><div> LDS/AcePerl-1.92.tar.gz                      : make_test NO</div><div> CJFIELDS/Bio-ASN1-EntrezGene-1.70.tar.gz     : make_test NO</div><div> CAPTTOFU/DBD-mysql-4.029.tar.gz              : writemakefile NO &#39;/usr/bin/perl Makefile.PL </div><div>and several more. missing packages etc and successfully installed except the above 3. Don&#39;t think i need those.</div><div><br></div><div>sudo apt-get install libgd-gd2-perl</div><div><br></div><div>
 git clone <a href="https://github.com/bioperl/bioperl-live.git">https://github.com/bioperl/bioperl-live.git</a>
 </div><div>cd bioperl-live 
 </div><div>perl Build.PL 
--fails - needs more modules</div><div><br></div><div><br></div><div>Configuring C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gz with Build.PL</div><div>Checking prerequisites...</div><div>  recommends:</div><div><br></div><div>Algorithm::Munkres </div><div>Array::Compare </div><div>Bio::Phylo </div><div>Convert::Binary::C </div><div>GraphViz</div><div>HTML::TableExtract is not installed</div><div>PostScript::TextBlock is not installed</div><div>SOAP::Lite </div><div>Net::SSLeay Crypt::SSLeay IO::Socket::SSL</div><div>Sort::Naturally </div><div>XML::LibXML </div><div>DBD::Pg </div><div>DBD::SQLite</div><div>(all above installed via CPAN)</div><div><br></div><div>Checking optional features...</div><div>EntrezGene............disabled</div><div>  requires:</div><div>    ! Bio::ASN1::EntrezGene is not installed</div><div> - starts installing bioperl </div><div>i let it run and it installed Bioperl fine via CPAN.  build OK. </div><div>Installed bio::asn1::entrezgene &amp; bio::root::build</div><div>perl Build.PL</div><div>now needs Inline::C...</div><div>cpan&gt;install Inline::C</div><div> cd bioperl-live </div><div>
 perl Build.PL 
 -- fails. missing Manifest?</div><div>Build manifest</div><div>perl Build.PL --still fails</div><div>perl Build -- works</div><div>./Build test 
 --PASS</div><div>sudo ./Build install </div><div><br></div><div>Installed / passed tests OK. </div><div>Added;</div><div>export PERL5LIB=&quot;$HOME/bioperl-live:$PERL5LIB&quot;</div><div>to .bashrc</div></div><div><br></div><div>So i&#39;ve installed via CPAN which i didn&#39;t really want, but couldn&#39;t run Build.PL w/o prereq Bio::ASN1::EntrezGene which starts installing bioperl. What should i have done differently? </div><div>i still did Build w/ Git clone, but when i check Version i get 1.006924. I thought the bioperl-live version was 1.006925? i set the environment variable in bashrc for bioperl-live. </div><div>Ok, thanks for your time! Just want to make sure i&#39;m doing this correctly. </div><div>Shane</div></div>