<div dir="ltr">Dear All,<br><br>I am trying to parse a genebank summary files for the following records:<br><br>Sequence, description, division, GI number, gene id/name, version and organism.<br><br>I used a script from the bioperl webpage and used to parse the above.<br><br>I am getting problem parsing the gene id/name, version and cds information, organism.<br><br>Could you please help with the same.<br><br>Below is the code I am using:<br><br>&nbsp;#!/usr/bin/perl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>use strict;<br>use warnings;<br>use Bio::SeqIO;<br>use Bio::Seq;<br><br>my $seqobj;<br>my $file = "NM_000040.summary";<br><br>my $seqio = Bio::SeqIO-&gt;new (-format =&gt; 'GenBank',<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -file&nbsp;&nbsp; =&gt; $file);<br>print ref($seqio);<br>while ($seqobj = $seqio-&gt;next_seq ()) {<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; printf "Sequence:&nbsp;&nbsp;&nbsp; %s\n",$seqobj-&gt;seq;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; printf "Display ID:&nbsp; %s\n",$seqobj-&gt;display_id;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; printf "Description: %s\n",$seqobj-&gt;desc;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; printf "Division:&nbsp;&nbsp;&nbsp; %s\n",$seqobj-&gt;division;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; printf "Accession:&nbsp;&nbsp; %s\n",$seqobj-&gt;accession_number;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; printf "GI number:&nbsp;&nbsp; %s\n",$seqobj-&gt;primary_id;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; printf "Definition:&nbsp; %s\n",$seqobj-&gt;seq_version;<br>}<br><br>Any help is greatly appreciated.<br>Regards<br><br><br><br></div>