<div dir="ltr"><div>Hi All,</div><div><br></div><div>I tried to use PAML:Yn00 to run yn00 and parse the result. However, no results were given. Does anyone know what might be the problem?</div><div><br></div><div>The following code is obtained from </div><div><a href="http://search.cpan.org/dist/BioPerl-Run/lib/Bio/Tools/Run/Phylo/PAML/Yn00.pm">http://search.cpan.org/dist/BioPerl-Run/lib/Bio/Tools/Run/Phylo/PAML/Yn00.pm</a></div><div><br></div><div>use Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Yn00;</div><div>use Bio::AlignIO;</div><div>my $alignio = Bio::AlignIO-&gt;new(</div><div>    -format =&gt; &#39;fasta&#39;,</div><div>    -file   =&gt; &quot;$ARGV[0]&quot;</div><div>);</div><div>my $aln = $alignio-&gt;next_aln;</div><div><br></div><div>my $yn = Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Yn00-&gt;new();</div><div>$yn-&gt;alignment($aln);</div><div>my ( $rc, $parser ) = $yn-&gt;run;</div><div>while ( my $result = $parser-&gt;next_result ) { </div><div>    my @otus     = $result-&gt;get_seqs();</div><div>    my $MLmatrix = $result-&gt;get_MLmatrix();</div><div><br></div><div>    #0 and 1 correspond to the 1st and 2nd entry in the @otus array</div><div>    my $dN   = $MLmatrix-&gt;[0]-&gt;[1]-&gt;{dN};</div><div>    my $dS   = $MLmatrix-&gt;[0]-&gt;[1]-&gt;{dS};</div><div>    my $kaks = $MLmatrix-&gt;[0]-&gt;[1]-&gt;{omega};</div><div>    print &quot;Ka = $dN Ks = $dS Ka/Ks = $kaks\n&quot;;</div><div>}</div><div><br></div><div><br></div><div>###########################################################</div><div>Alignment:</div><div><div>&gt;1</div><div>aaattgttgttg</div><div>&gt;2</div><div>aacaatttgttg</div></div><div><br></div><div><br></div><div>Yours,</div><div>Cacau</div></div>