<div dir="ltr"><div>Dear colleagues,<br></div>Is there a method in bioperl that will calculate pairwise alignment scores for any given pair of genes in MSA (according to a given matrix and gap opening/extension cost)? It seems that Bio::SimpleAlign methods only work with score if it has been described in MSA file and can only hold a general multiple sequence alignment score.<br clear="all"><div><div><div><br>-- <br><font face="arial,helvetica,sans-serif">Alexey Morozov,<br>LIN SB RAS, bioinformatics group.<br>Irkutsk, Russia.<br></font>
</div></div></div></div>