<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div>Just a quick update on this: I released a separate Bio::FeatureIO release to CPAN that represents the code split out from the core modules:</div>
<div><br>
</div>
<div>&nbsp; &nbsp;<a href="https://metacpan.org/pod/Bio::FeatureIO">https://metacpan.org/pod/Bio::FeatureIO</a></div>
<div><br>
</div>
<div>I had to do some cleanup to get code to work and tests passing with some sanity. &nbsp;A *lot* of things were not passing tests when we moved this over. &nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>This should represent what was last working with Chado though. &nbsp;However, I haven’t officially announced anything yet b/c I would like to shake bugs out of it. Can either of you try this out on a Chado run to make sure everything is up to snuff (or at least
 point out issues)? &nbsp;Time depending, I would like to get something running on (for instance) Travis-CI, maybe including some optional Chado-related stuff. &nbsp;This would also help so that we can work on merging what has been done on master so that these pass the
 same tests.</div>
<div><br>
</div>
<div>chris</div>
<br>
<div>
<div>On Jul 25, 2014, at 2:59 PM, Fields, Christopher J &lt;<a href="mailto:cjfields@illinois.edu">cjfields@illinois.edu</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
The commit history is all there I believe; we could simply commit a tag pointing to the last commit prior to all the major code changes and make that a separate release (probably with a separate version, 1.7 at least).
<div><br>
</div>
<div>chris</div>
<div><br>
<div>
<div>On Jul 24, 2014, at 1:53 PM, Scott Cain &lt;<a href="mailto:scott@scottcain.net">scott@scottcain.net</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">Hi Chris,
<div><br>
</div>
<div>I almost forgot about this thread. &nbsp;Yes, there are still tools in the GMOD distribution (including the GFF bulk loader) that use Bio::FeatureIO. &nbsp;I'm still using 1.6.901 for most things, so I've not been bitten by its being gone. &nbsp;A distribution on CPAN
 would probably be best, and a corresponding new release of Chado (because I have all the time in the world to work on that!) to go with it.</div>
<div><br>
</div>
<div>I haven't looked--what's the state of it now?</div>
<div><br>
</div>
<div>Scott</div>
<div><br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Thu, Jul 17, 2014 at 5:58 PM, Fields, Christopher J <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:cjfields@illinois.edu" target="_blank">cjfields@illinois.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; position: static; z-index: auto;">
It’s been moved to a separate github distribution, namely Bio-FeatureIO, but it was also being largely rewritten as the original implementation was never completed. &nbsp;We can probably set up a branch with the relevant version of the code that should work with
 the script.<br>
<br>
Scott, is this the recommended way of loading Chado data in still? &nbsp;Do we need a working version of Bio::FeatureIO on CPAN so it’s available? &nbsp;For some reason I thought users started going with Bio::Chado::Schema...<br>
<br>
chris<br>
<div class="HOEnZb">
<div class="h5"><br>
On Jul 17, 2014, at 12:23 PM, George Hartzell &lt;<a href="mailto:hartzell@alerce.com">hartzell@alerce.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; I'm following instructions on the GMOD site to install the Chado schema and related tools.<br>
&gt;<br>
&gt; I used cpanm to install BioPerl, which gives me the current version.<br>
&gt;<br>
&gt; Various Chado-related tools, e.g. load/bin/gmod_bulk_load_gff3, require Bio::FeatureIO, which is no longer in the BioPerl distribution.<br>
&gt;<br>
&gt; I've found a GitHub repo for it, but I can't find any sign of it on CPAN.<br>
&gt;<br>
&gt; Has it ever been released?<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks.<br>
&gt;<br>
&gt; g.<br>
&gt;<br>
&gt; Sent from a device that makes me type with two fingers.<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Bioperl-l mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br>
&gt; <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l" target="_blank">
http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l</a><br>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
------------------------------------------------------------------------<br>
Scott Cain, Ph. D.&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; scott at scottcain dot net<br>
GMOD Coordinator (<a href="http://gmod.org/">http://gmod.org/</a>)&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 216-392-3087<br>
Ontario Institute for Cancer Research </div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
Bioperl-l mailing list<br>
<a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br>
http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l</blockquote>
</div>
<br>
</body>
</html>