<p dir="ltr">Yeah, the cleanly part is what I hope to make happen, maybe splitting blast out makes sense there too. Will give it a go<br>
MAJ</p>
<br/><div class="cm_quote" style=" color: #787878">On Fri, Aug 22, 2014 at 11:47 AM, Fields, Christopher J &lt;<a href="mailto:cjfields@illinois.edu">cjfields@illinois.edu</a>&gt; wrote:</div><br><div id="oldcontent" style="background-color: rgb(255, 255, 255); background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;"><blockquote style=""><p dir="ltr">Actually, it might be better to have all the BLAST-related stuff as one distribution, unless we can get bioperl-run installing much more cleanly (little overhead with few dependencies).&nbsp; Is that what you want to do?&nbsp; If so: cool!
<br>

<br>
You should have commit to bioperl-run BTW, you are listed as part of the developer team.
<br>

<br>
chris
<br>

<br>
On Aug 22, 2014, at 7:09 AM, Mark A. Jensen &lt;maj@fortinbras.us&gt; wrote:
<br>

<br>
&gt; Thanks Chris-- yes, you must be right. I just did a quick grep for "StandAloneBlast" in the modules. I will verify and leave bl2seq alone.
<br>
&gt; Will do everything in branches and then give the signal-
<br>
&gt; cheers MAJ
<br>
&gt; On 2014-08-21 23:50, Fields, Christopher J wrote:
<br>
&gt;&gt; On Aug 21, 2014, at 9:37 PM, George Hartzell &lt;hartzell@alerce.com&gt; wrote:
<br>
&gt;&gt; 
<br>
&gt;&gt;&gt; Mark A. Jensen writes:
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; [...]
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; My simple proposal is to move these three modules from bioperl-live to
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; bioperl-run. (Only AlignIO/bl2seq.pm depends on StandAloneBlast, btw).
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; 
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Thoughts?
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; [...]
<br>
&gt;&gt;&gt; 
<br>
&gt;&gt;&gt; Speaking from a safe distance, that sounds *wonderful*.
<br>
&gt;&gt;&gt; 
<br>
&gt;&gt;&gt; g.
<br>
&gt;&gt; 
<br>
&gt;&gt; Agreed.&nbsp; Also, I think you mean that StandAloneBlast has a dependency
<br>
&gt;&gt; on AlignIO::bl2seq, not the other way around, correct? At least, I
<br>
&gt;&gt; didn’t see anything there.
<br>
&gt;&gt; 
<br>
&gt;&gt; If no one objects to it (give it a day), I say go ahead and move it over.
<br>
&gt;&gt; 
<br>
&gt;&gt; chris
<br>
&gt; 
<br>

<br>

<br>
_______________________________________________
<br>
Bioperl-l mailing list
<br>
Bioperl-l@mailman.open-bio.org
<br>
http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l
<br>
</p>
</blockquote></div>