<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
Looks as if there have been major changes to fasta36, see here:
<div><br>
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; <a href="http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta/fasta36/">http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta/fasta36/</a></div>
<div><br>
</div>
<div>Note in particular point 2:</div>
<div><br>
</div>
<ul class="">
<li style="margin-left: -1em;">Display of all significant alignments between query and library sequence. BLAST has always displayed multiple high-scoring alignments (HSPs) between the query and library sequence; previous versions of the FASTA programs displayed
 only the best alignment, even when other high-scoring alignments were present. This is the major change in FASTA36. For most programs (<tt>fasta36</tt>,&nbsp;<tt>ssearch36</tt>,&nbsp;<tt>[t]fast[xy]36</tt>), if the library sequence contains additional significant alignments,
 they will be displayed with the alignment output, and as part of&nbsp;<tt>-m 9</tt>&nbsp;output (the initial list of high scores).
<p>By default, the statistical threshold for alternate alignments (HSPs) is the E()-threshold / 10.0. For proteins, the default expect threshold is E()&lt; 10.0, the secondary threshold for showing alternate alignments is thus E() &lt; 1.0. Fror translated comparisons,
 the E()-thresholds are 5.0/0.5; for DNA:DNA 2.0/0.2.</p>
<p>Both the primary and secondary E()-thresholds are set with the -E&nbsp;&quot;prim&nbsp;sec&quot; command line option. If the secondary value is betwee zero and 1.0, it is taken as the actual threshold. If it is &gt; 1.0, it is taken as a divisor for the primary threshold. If it
 is negative, alternative alignments are disabled and only the best alignment is shown.</p>
</li></ul>
<div>I suggest submitting this as a bug report to GitHub along with the examples (use a gist, not pastebin as the latter are not around forever). &nbsp;We could add support for this (it’s not very high on our priority list of fixes), but having example files helps
 tremendously along that path. &nbsp;We also will acept any help/patches that get this working again :)</div>
<div><br>
</div>
<div>chris</div>
<div><br>
<div>
<div>
<div>On Aug 7, 2014, at 7:47 PM, Antony03 &lt;<a href="mailto:antony.vincent.1@ulaval.ca">antony.vincent.1@ulaval.ca</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">Hello,<br>
<br>
There is a problem when I try to parse a fasta36 report. I got this error:<br>
<br>
------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------<br>
MSG: Unrecognized alignment line (3) '&gt;--'<br>
STACK: Error::throw<br>
STACK: Bio::Root::Root::throw /usr/share/perl5/Bio/Root/Root.pm:486<br>
STACK: Bio::SearchIO::fasta::next_result<br>
/usr/share/perl5/Bio/SearchIO/fasta.pm:1148<br>
STACK: ./Auto_Annot.pl:123<br>
-----------------------------------------------------------<br>
<br>
There is a '&gt;--' after each alignment in fasta36 but not in fasta35. <br>
<br>
Consequently, I tried to parse a fasta35 alignment. There is no problem with<br>
bioperl. However, the result is clearly not the same between both (fasta35<br>
and fasta36).<br>
<br>
fasta35 gives only 1 alignment: <a href="http://pastebin.com/f4NdYJCt">http://pastebin.com/f4NdYJCt</a><br>
<br>
while fasta36 gives 3 alignments: <a href="http://pastebin.com/ADeKJ4GC">http://pastebin.com/ADeKJ4GC</a><br>
<br>
What I'm doing wrong with fasta35? It is probably not normal that it misses<br>
almost 2 perfect alignments on 3.<br>
<br>
Thanks you!<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
View this message in context: <a href="http://bioperl.996286.n3.nabble.com/fasta36-bug-report-tp17620.html">
http://bioperl.996286.n3.nabble.com/fasta36-bug-report-tp17620.html</a><br>
Sent from the Bioperl-L mailing list archive at <a href="http://Nabble.com">Nabble.com</a>.<br>
_______________________________________________<br>
Bioperl-l mailing list<br>
<a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br>
http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</body>
</html>