<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div>All,</div>
<div><br>
</div>
<div>The master branch on github is undergoing significant changes that <b>will break your code</b>; in short, it is missing several modules that were removed due to our work on modularization. &nbsp;If you really need to grab the latest stable code, I recommend
 either getting the latest CPAN release (v1.6.924, just released a month ago) or using the ‘v1.6.x’ branch on GitHub, which we have been routinely patching with fixes to the main branch.</div>
<div><br>
</div>
<div>If needed we can switch the default checkout branch to ‘v1.6.x' to make things easier (so far there has been no consensus about this, so I am leaving it as is for the time being).</div>
<div><br>
</div>
<div>chris</div>
<br>
<div>
<div>On Aug 1, 2014, at 1:20 PM, Tess Cherlin &lt;<a href="mailto:tess.cherlin@gmail.com">tess.cherlin@gmail.com</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div dir="ltr">Hi Dave, Chris, Cassandra and others,<br>
<br>
I was following the wonderful directions that Dave wrote and have made it to an almost similar end as Cassandra.<br>
<br>
<br>
ncfa-2-3502-ap3:~ Vi$ perl -e &quot;use Bio::SeqIO;&quot;<br>
Base class package &quot;Bio::Root::Root&quot; is empty.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Perhaps you need to 'use' the module which defines that package first.)<br>
&nbsp;at /Users/Vi/bioperl-live/Bio/Location/WidestCoordPolicy.pm line 80<br>
BEGIN failed--compilation aborted at /Users/Vi/bioperl-live/Bio/Location/WidestCoordPolicy.pm line 80.<br>
Compilation failed in require at /Users/Vi/bioperl-live/Bio/Location/Atomic.pm line 79.<br>
BEGIN failed--compilation aborted at /Users/Vi/bioperl-live/Bio/Location/Atomic.pm line 79.<br>
Compilation failed in require at (eval 1) line 3.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; ...propagated at /System/Library/Perl/5.8.8/base.pm line 85.<br>
BEGIN failed--compilation aborted at /Users/Vi/bioperl-live/Bio/Location/Simple.pm line 87.<br>
Compilation failed in require at /Users/Vi/bioperl-live/Bio/Factory/FTLocationFactory.pm line 97.<br>
BEGIN failed--compilation aborted at /Users/Vi/bioperl-live/Bio/Factory/FTLocationFactory.pm line 97.<br>
Compilation failed in require at /Users/Vi/bioperl-live/Bio/SeqIO.pm line 330.<br>
BEGIN failed--compilation aborted at /Users/Vi/bioperl-live/Bio/SeqIO.pm line 330.<br>
Compilation failed in require at -e line 1.<br>
BEGIN failed--compilation aborted at -e line 1.<br>
ncfa-2-3502-ap3:~ Vi$<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>
<br>
<br>
I see that there are many items that were not compiled &quot;aborted&quot;, is that something I need to do separately? I'm sorry but I got lost when Dave and Chris began discussing the stuff at the bottom of this chain. So if someone could explain a solution simply I
 would greatly appreciate it!<br>
<br>
Thank you!<br>
<br>
Tess<br>
<br>
On Tuesday, February 7, 2012 3:38:12 PM UTC-6, Dave Messina wrote:
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex;">
I will take the opportunity to shamelessly pimp my no-install install<br>
instructions (below and<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://seqxml.org/xml/BioPerl.html" target="_blank">http://seqxml.org/xml/BioPerl.<wbr>html</a>). IMHO if<br>
Casandra is just looking to get started with BioPerl, messing with external<br>
libs and configs is probably overkill.
<p>Best,<br>
Dave</p>
<div><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<p>&nbsp;There’s a quickie, “zero-install” way to get BioPerl on your system.</p>
<p>&nbsp; &nbsp; 1) Okay, click here to download bioperl as a zip file:</p>
<p>&nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="https://github.com/bioperl/bioperl-live/zipball/master" target="_blank">https://github.com/bioperl/<wbr>bioperl-live/zipball/master</a></p>
<p><br>
&nbsp; &nbsp; when it's done downloading, unzip it if your computer hasn’t done it<br>
automatically. On the<br>
&nbsp; &nbsp; command line, you would do:</p>
<p>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;unzip bioperl-live-bioperl-release-<wbr>1-5-1-rc4-4318-g342e587.zip</p>
<p>&nbsp; &nbsp; or whatever the file is called. You should then have a folder with some<br>
ugly name like</p>
<p>&nbsp; &nbsp; bioperl-bioperl-live-558467a</p>
<p>&nbsp; &nbsp; 3) rename that to</p>
<p>&nbsp; &nbsp; bioperl-live</p>
<p>&nbsp; &nbsp; 4) move that folder to wherever you want to keep it. I keep mine in a<br>
directory called src in my<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; home directory.</p>
<p>&nbsp; &nbsp; So on my computer if I go to the command line and cd to that folder and<br>
type pwd I get:</p>
<p>&nbsp; &nbsp; /Users/dave/src/bioperl-live</p>
<p>&nbsp; &nbsp; 5) in the terminal, cd to your home directory.</p>
<p>&nbsp; &nbsp; 6) see if you have a file named .bash_profile by typing</p>
<p>&nbsp; &nbsp; ls -l ~/.bash_profile</p>
<p>&nbsp; &nbsp; 7) if so, open that file in your favorite editor. if the file doesn't<br>
exist, just create the file.</p>
<p>&nbsp; &nbsp; 8) put this line in your .bash_profile</p>
<p>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;export PERL5LIB=/Users/dave/src/<wbr>bioperl-live</p>
<p>&nbsp; &nbsp; (obviously replacing my path info with wherever you chose to put<br>
bioperl)</p>
<p>&nbsp; &nbsp; 9) save and close your .bash_profile</p>
<p>&nbsp; 10) open a new terminal window so that the change will take effect.</p>
<p>&nbsp; 11) on the command line of the new terminal, type</p>
<p>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;perl -e &quot;use Bio::SeqIO;&quot;</p>
<p>&nbsp; &nbsp; If that works, then you have &quot;installed&quot; bioperl. Yay!</p>
<div><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<div><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<div><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<div><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<div><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<p><br>
On Tue, Feb 7, 2012 at 22:12, Scott Cain &lt;<a target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="1zxcapOb3FEJ">sc...@</a><a href="http://scottcain.net/">scottcain.net</a>&gt; wrote:</p>
<p>&gt; Yes, but those doc don't address exactly the problem Cassandra is<br>
&gt; having, that she wants to use local::lib, but there need to be some<br>
&gt; prereqs installed, but they can't be because she chose to use<br>
&gt; local::lib, and it's not installed. &nbsp;That's all fine if you're not a<br>
&gt; newbie and know how to properly install the prereqs before using the<br>
&gt; cpan shell, but when following instructions that say &quot;use local::lib&quot;,<br>
&gt; I find that the instructions are completely insufficient in actually<br>
&gt; getting the desired software installed. &nbsp;Thus the need for a good<br>
&gt; tutorial.<br>
&gt;<br>
&gt; Scott<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Tue, Feb 7, 2012 at 4:02 PM, Chris Fields &lt;<a target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="1zxcapOb3FEJ">cjfi...@</a><a href="http://illinois.edu/">illinois.edu</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt; &gt; I guess one key question is where these CPAN installation instructions<br>
&gt; come<br>
&gt; &gt; from. &nbsp;They're a bit odd, and if this is from the wiki we need to do some<br>
&gt; &gt; updating.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Re: local::lib, the docs on CPAN are pretty nice if one wants to use a<br>
&gt; &gt; single perl version.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="https://metacpan.org/module/local::lib#The-bootstrapping-technique" target="_blank">https://metacpan.org/module/<wbr>local::lib#The-bootstrapping-<wbr>technique</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; In my case I use perlbrew (which is all local by default, and allows<br>
&gt; &gt; switching between perl versions). &nbsp;Highly recommend using either simple<br>
&gt; &gt; local::lib or perlbrew in combination with cpanm.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="https://metacpan.org/module/perlbrew" target="_blank">https://metacpan.org/module/<wbr>perlbrew</a><br>
&gt; &gt;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="https://metacpan.org/module/cpanm" target="_blank">https://metacpan.org/module/<wbr>cpanm</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; chris<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; On 02/07/2012 02:55 PM, Scott Cain wrote:<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; hi Cassandra,<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; I don't have an answer for you at the moment. &nbsp;It seems to me that<br>
&gt; &gt;&gt; using local::lib is a good idea, but I've never found a good tutorial<br>
&gt; &gt;&gt; for using it, so I haven't. &nbsp;Perhaps someone else on the list can<br>
&gt; &gt;&gt; suggest one.<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; The other thing I just wanted to mention as the admin that approved<br>
&gt; &gt;&gt; your message--I came very close to deleting it from the queue without<br>
&gt; &gt;&gt; looking at it because it is not unusual for spam messages to have<br>
&gt; &gt;&gt; generic subjects like &quot;help!&quot; &nbsp;(just for future reference :-)<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; Scott<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; On Tue, Feb 7, 2012 at 11:11 AM, Casandra&lt;<a target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="1zxcapOb3FEJ">kasa...@</a><a href="http://gmail.com/">gmail.com</a>&gt; &nbsp;wrote:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Hi,<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; I'm trying to install Bioperl but I'm a bit lost. I know I have perl<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; installed becaused I have already write some scripts but I'm biologist<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; so...<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; not pretty sure about what messages say.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; My perl version:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; This is perl, v5.8.8 built for darwin-thread-multi-2level<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; My computer:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Mac OS X Vesion 10.5.8<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; I was following this preliminary steps:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; --------------<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; PRELIMINARY PREPARATION<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;This is optional, but regardless of your subsequent choice of<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;installation method, it will help to carry out the following steps.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;They will increase the likelyhood of installation success<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp;(especially of optional dependencies).<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;* Upgrade CPAN:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp;&gt;perl -MCPAN -e shell<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp;cpan&gt;install Bundle::CPAN<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp;cpan&gt;q<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;* Install/upgrade Module::Build, and make it your preferred<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;installer:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp;&gt;cpan<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp;cpan&gt;install Module::Build<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp;cpan&gt;o conf prefer_installer MB<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp;cpan&gt;o conf commit<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp;cpan&gt;q<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;* Install the expat library by whatever method is<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;appropriate for your system.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;* If your expat library is installed in a non-standard location,<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;tell CPAN about it:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp;&gt;cpan<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp;cpan&gt;o conf makepl_arg &quot;EXPATLIBPATH=/non-standard/<wbr>lib<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; EXPATINCPATH=/non-standard/<wbr>include&quot;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp;cpan&gt;o conf commit<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; --------------<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; And I think I did &quot;Upgrade CPAN properly&quot; but when I tried the next one<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; it<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; started asking too many things to me, and finally it stopped due to<br>
&gt; &quot;some<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; problems&quot;. In text file you can see the whole process.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; What did I do wrong?<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; After solving these preliminary steps, what should I do? What exactly<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; .tar<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; or .whatever should I download to install?<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; I don't see the difference between installing it through &quot;built.PL&quot; or<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; &nbsp;CPAN. And I don't know if I should do this or that &quot;Fink*&quot; stuff for<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; MAC.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; * I went to Fink webpage and what I expected to see was &quot;hello!<br>
&gt; download<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Bioperl simply clicking here!&quot; but far from this, what it seems is that<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; first I have to download some kinf of Fink-program before starting with<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Bioperl... is it something close to this?<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; I'm sorry, too many questions... But I really want to learn to use<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Bioperl<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; but I have no people to ask it face to face.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Thank you so much,<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Casandra<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; ______________________________<wbr>_________________<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Bioperl-l mailing list<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="1zxcapOb3FEJ">Biop...@</a><a href="http://lists.open-bio.org/">lists.open-bio.org</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://lists.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l" target="_blank">http://lists.open-bio.org/<wbr>mailman/listinfo/bioperl-l</a><br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ______________________________<wbr>_________________<br>
&gt; &gt; Bioperl-l mailing list<br>
&gt; &gt;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="1zxcapOb3FEJ">Biop...@</a><a href="http://lists.open-bio.org/">lists.open-bio.org</a><br>
&gt; &gt;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://lists.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l" target="_blank">http://lists.open-bio.org/<wbr>mailman/listinfo/bioperl-l</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------<br>
&gt; Scott Cain, Ph. D. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; scott at scottcain<br>
&gt; dot net<br>
&gt; GMOD Coordinator (<a href="http://gmod.org/" target="_blank">http://gmod.org/</a>) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 216-392-3087<br>
&gt; Ontario Institute for Cancer Research<br>
&gt;<br>
&gt; ______________________________<wbr>_________________<br>
&gt; Bioperl-l mailing list<br>
&gt;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="1zxcapOb3FEJ">Biop...@</a><a href="http://lists.open-bio.org/">lists.open-bio.org</a><br>
&gt;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://lists.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l" target="_blank">http://lists.open-bio.org/<wbr>mailman/listinfo/bioperl-l</a><br>
&gt;</p>
<p>______________________________<wbr>_________________<br>
Bioperl-l mailing list<br>
<a target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="1zxcapOb3FEJ">Biop...@</a><a href="http://lists.open-bio.org/">lists.open-bio.org</a><br>
<a href="http://lists.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l" target="_blank">http://lists.open-bio.org/<wbr>mailman/listinfo/bioperl-l</a></p>
</blockquote>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</body>
</html>