<p dir="ltr">Thx Dario, I will have another look this evening<br>
Man</p>
<br/><div class="cm_quote" style=" color: #787878">On Mon, Jul 28, 2014 at 1:15 PM, Darío Carballido &lt;<a href="mailto:dcarball@tandar.cnea.gov.ar">dcarball@tandar.cnea.gov.ar</a>&gt; wrote:</div><br><div id="oldcontent" style="background-color: rgb(255, 255, 255); background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;"><blockquote style=""><p dir="ltr">Hello Mark, 
<br>

<br>
When using 
<br>

<br>
-method_args =&gt; [ '-outfmt' =&gt; '"7 std qcovs"' ]
<br>

<br>
It worked perfectly. When using 
<br>

<br>
-outformat =&gt; '"7 std qcovs"' (or '7 std qcovs')
<br>

<br>
I got this:
<br>

<br>
Argument "outformat" isn't numeric in subtraction (-) at
<br>
./new_orthoparahomlist.pl line 180.
<br>
Can't use string ("46534816") as an ARRAY ref while "strict refs" in use at
<br>
/usr/local/share/perl/5.14.2/Bio/Tools/Run/StandAloneBlastPlus/BlastMethods.
<br>
pm line 236.
<br>

<br>
BlastMethods.pm has been updated properly (I checked before writing).
<br>

<br>
Thanks for your help, 
<br>

<br>
Darío Carballido 
<br>

<br>
-----Mensaje original-----
<br>
De: bioperl-l-bounces+dcarball=tandar.cnea.gov.ar@mailman.open-bio.org
<br>
[mailto:bioperl-l-bounces+dcarball=tandar.cnea.gov.ar@mailman.open-bio.org]
<br>
En nombre de Mark A. Jensen
<br>
Enviado el: sábado, 26 de julio de 2014 0:06
<br>
Para: bioperl-l@mailman.open-bio.org
<br>
Asunto: Re: [Bioperl-l] Problem with StandAloneBlastPlus
<br>

<br>
Ok Dario,
<br>
This should be fixed in the master branch -- you need the fixes in both 
<br>
bioperl-live and bioperl-run.
<br>

<br>
&nbsp; -method_args =&gt; [ '-outfmt' =&gt; '"7 std qcovs"' ]
<br>

<br>
should work now, and also the standard factory argument:
<br>

<br>
&nbsp; -outformat =&gt; '"7 std qcovs"'
<br>

<br>
(and, as it turns out
<br>

<br>
&nbsp; -outformat =&gt; '7 std qcovs'
<br>

<br>
should work. That's a longer story.)
<br>

<br>
Pls try and let us know-
<br>

<br>
MAJ
<br>

<br>
On 2014-07-23 12:13, Fields, Christopher J wrote:
<br>
&gt; Yep, that’s where to send it. I’ll post an official (belated)
<br>
&gt; announcement.
<br>
&gt;
<br>
&gt; chris
<br>
&gt;
<br>
&gt; On Jul 22, 2014, at 10:38 PM, Mark A. Jensen &lt;maj@fortinbras.us [9]&gt;
<br>
&gt; wrote:
<br>
&gt;
<br>
&gt;&gt; This is a bug, and fairly deep. I have made
<br>
&gt;&gt; https://github.com/bioperl/bioperl-run/issues/12 [6].
<br>
&gt;&gt; (I hope that's what we do around here now...)
<br>
&gt;&gt; cheers MAJ
<br>
&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt; On 2014-07-21 15:24, Mark A Jensen wrote:
<br>
&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt; Almost positive this will require a mod in SABP. I will try to
<br>
&gt;&gt;&gt; have a
<br>
&gt;&gt;&gt; look. MAJ
<br>
&gt;&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt; On Mon, Jul 21, 2014 at 1:54 PM, Ashton Trey Belew
<br>
&gt;&gt;&gt; &lt;abelew@gmail.com [4]
<br>
&gt;&gt;&gt; [1]&gt; wrote:
<br>
&gt;&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; -----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE-----
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Hash: SHA1
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Hello Dario,
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Below is a portion of a little script which I use for
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; StandAloneBlast and which uses -m 7. It doesn't exactly answer
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; your
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; question, but I hope it will be similar enough to prove
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; helpful.
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; My ignorant thought is that you can modify my use of -m to suit
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; your
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; purpose; but after rereading your message I am guessing you
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; already
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; tried something similar.
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; -Trey
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; my @params = (-program =&gt; 'blastn', -b =&gt; $max_hits,
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; -I =&gt; 't', -a =&gt; $processors,
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; -database =&gt; $library_db, -m =&gt; 7,);
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; my $query_count = 0;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; while (my $query_seq = $query_library-&gt;next_seq()) {
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; $query_count++;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; my $search = new Bio::Tools::Run::StandAloneBlast(
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; -_READMETHOD =&gt; 'blastxml', @params);
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; $search-&gt;m(7);
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; my $blast_output = new Bio::SearchIO(
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; -format =&gt; 'blastxml', -verbose =&gt; 1,);
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; $blast_output = $search-&gt;blastall($query_seq,
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; -format=&gt;'blastxml', -verbose =&gt; 1,);
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; my $result_count = 0;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; while (my $result = $blast_output-&gt;next_result()) {
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; ## Collect alignments
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; } ## End of results by query
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; } ## End of queries
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; On 07/21/2014 11:57 AM, Darío Carballido wrote:
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; Hello,
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; I’m working with this script that uses StandAloneBlastPlus,
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; and
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; I
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; would like to take advantage of a new feature in the latest
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; releases of blast+, which allows me to present the query
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; coverage
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; in the output (among other values). For that to work, the
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; value
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; of
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; –outfmt needs to be quoted (for example, -outfmt “7 std
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; qcovs”), so
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; I’m passing the outfmt parameter via
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; -method_args =&gt; [ '-outfmt' =&gt; '"7 std qcovs"' ]
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; (I’m using single quotes with doubles inside, so that the
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; double
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; quotes are passed literally).
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; But when I run it, the quotes seem to get lost and I end up
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; with
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; the error I get when I pass that value without the quotes:
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; Error: Too many positional arguments (1), the offending
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; value:
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; std
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; I have tried lots of combinations with single, double quotes,
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; character escaping and I couldn’t find the way to make it
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; work.
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; Any help?
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; Thanks,
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; Darío Carballido
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; _______________________________________________ Bioperl-l
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; mailing
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; list Bioperl-l@mailman.open-bio.org [1]
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l [2]
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; -----BEGIN PGP SIGNATURE-----
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Version: GnuPG v1
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; iD8DBQFTzVHiF9UIceSIYeoRAmLRAJsFCbynO5sZ8FWb8zAOtSVHTMKTDgCfeG3c
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; 356E0nxLltTzB+msEwRJ5ZY=
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; =5Y5m
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; -----END PGP SIGNATURE-----
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; _______________________________________________
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Bioperl-l mailing list
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Bioperl-l@mailman.open-bio.org [3]
<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l
<br>
&gt;&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt;&gt; Links:
<br>
&gt;&gt;&gt; ------
<br>
&gt;&gt;&gt; [1] mailto:abelew@gmail.com [5]
<br>
&gt;&gt;
<br>
&gt;&gt; _______________________________________________
<br>
&gt;&gt; Bioperl-l mailing list
<br>
&gt;&gt; Bioperl-l@mailman.open-bio.org [7]
<br>
&gt;&gt; http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l [8]
<br>
&gt;
<br>
&gt;
<br>
&gt;
<br>
&gt; Links:
<br>
&gt; ------
<br>
&gt; [1] mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org
<br>
&gt; [2] http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l
<br>
&gt; [3] mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org
<br>
&gt; [4] mailto:abelew@gmail.com
<br>
&gt; [5] mailto:abelew@gmail.com
<br>
&gt; [6] https://github.com/bioperl/bioperl-run/issues/12
<br>
&gt; [7] mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org
<br>
&gt; [8] http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l
<br>
&gt; [9] mailto:maj@fortinbras.us
<br>

<br>
_______________________________________________
<br>
Bioperl-l mailing list
<br>
Bioperl-l@mailman.open-bio.org
<br>
http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l
<br>
-----
<br>
Se certificó que el correo no contiene virus.
<br>
Comprobada por AVG - www.avg.es
<br>
Versión: 2014.0.4716 / Base de datos de virus: 3986/7918 - Fecha de la
<br>
versión: 07/25/2014
<br>

<br>

<br>
_______________________________________________
<br>
Bioperl-l mailing list
<br>
Bioperl-l@mailman.open-bio.org
<br>
http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l
<br>
</p>
</blockquote></div>