<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div>Yep, that’s where to send it. &nbsp;I’ll post an official (belated) announcement.</div>
<div><br>
</div>
<div>chris</div>
<br>
<div>
<div>On Jul 22, 2014, at 10:38 PM, Mark A. Jensen &lt;<a href="mailto:maj@fortinbras.us">maj@fortinbras.us</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div style="font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
This is a bug, and fairly deep. I have made<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="https://github.com/bioperl/bioperl-run/issues/12">https://github.com/bioperl/bioperl-run/issues/12</a>.<br>
(I hope that's what we do around here now...)<br>
cheers MAJ<br>
<br>
On 2014-07-21 15:24, Mark A Jensen wrote:<br>
<blockquote type="cite">Almost positive this will require a mod in SABP. I will try to have a<br>
look. MAJ<br>
<br>
On Mon, Jul 21, 2014 at 1:54 PM, Ashton Trey Belew &lt;<a href="mailto:abelew@gmail.com">abelew@gmail.com</a><br>
[1]&gt; wrote:<br>
<br>
<blockquote type="cite">-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE-----<br>
Hash: SHA1<br>
<br>
Hello Dario,<br>
Below is a portion of a little script which I use for<br>
StandAloneBlast and which uses -m 7. It doesn't exactly answer your<br>
<br>
question, but I hope it will be similar enough to prove helpful.<br>
My ignorant thought is that you can modify my use of -m to suit<br>
your<br>
purpose; but after rereading your message I am guessing you already<br>
<br>
tried something similar.<br>
-Trey<br>
<br>
my @params = (-program =&gt; 'blastn', -b =&gt; $max_hits,<br>
-I =&gt; 't', -a =&gt; $processors,<br>
-database =&gt; $library_db, -m =&gt; 7,);<br>
<br>
my $query_count = 0;<br>
while (my $query_seq = $query_library-&gt;next_seq()) {<br>
$query_count&#43;&#43;;<br>
my $search = new Bio::Tools::Run::StandAloneBlast(<br>
-_READMETHOD =&gt; 'blastxml', @params);<br>
$search-&gt;m(7);<br>
my $blast_output = new Bio::SearchIO(<br>
-format =&gt; 'blastxml', -verbose =&gt; 1,);<br>
$blast_output = $search-&gt;blastall($query_seq,<br>
-format=&gt;'blastxml', -verbose =&gt; 1,);<br>
my $result_count = 0;<br>
while (my $result = $blast_output-&gt;next_result()) {<br>
## Collect alignments<br>
} ## End of results by query<br>
} ## End of queries<br>
<br>
On 07/21/2014 11:57 AM, Darío Carballido wrote:<br>
&gt; Hello,<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; I’m working with this script that uses StandAloneBlastPlus, and<br>
I<br>
&gt; would like to take advantage of a new feature in the latest<br>
&gt; releases of blast&#43;, which allows me to present the query coverage<br>
<br>
&gt; in the output (among other values). For that to work, the value<br>
of<br>
&gt; –outfmt needs to be quoted (for example, -outfmt “7 std<br>
qcovs”), so<br>
&gt; I’m passing the outfmt parameter via<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; -method_args =&gt; [ '-outfmt' =&gt; '&quot;7 std qcovs&quot;' ]<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; (I’m using single quotes with doubles inside, so that the<br>
double<br>
&gt; quotes are passed literally).<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; But when I run it, the quotes seem to get lost and I end up with<br>
&gt; the error I get when I pass that value without the quotes:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Error: Too many positional arguments (1), the offending value:<br>
std<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; I have tried lots of combinations with single, double quotes,<br>
&gt; character escaping and I couldn’t find the way to make it work.<br>
<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Any help?<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt;<br>
&gt; Darío Carballido<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________ Bioperl-l mailing<br>
<br>
&gt; list <a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br>
&gt; <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l</a><br>
&gt;<br>
-----BEGIN PGP SIGNATURE-----<br>
Version: GnuPG v1<br>
<br>
iD8DBQFTzVHiF9UIceSIYeoRAmLRAJsFCbynO5sZ8FWb8zAOtSVHTMKTDgCfeG3c<br>
356E0nxLltTzB&#43;msEwRJ5ZY=<br>
=5Y5m<br>
-----END PGP SIGNATURE-----<br>
_______________________________________________<br>
Bioperl-l mailing list<br>
<a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br>
http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l<br>
</blockquote>
<br>
<br>
Links:<br>
------<br>
[1]<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:abelew@gmail.com">mailto:abelew@gmail.com</a><br>
</blockquote>
<br>
_______________________________________________<br>
Bioperl-l mailing list<br>
<a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l</a></div>
</blockquote>
</div>
<br>
</body>
</html>