<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">$rc  = Bio::Seq-&gt;new( -seq =&gt; $hsp-&gt;hit_string )-&gt;revcom-&gt;seq;<br>

</blockquote><div><br></div><div>Would this do the same thing?</div><div><br></div><div>$rc = $hsp-&gt;hit-&gt;revcom-&gt;seq </div><div><br></div><div>ie. I think the hit() method returns a Seq object, so no need to convert between strings?</div>

<div> </div></div>--Torsten Seemann<br>--Victorian Bioinformatics Consortium, Dept. Microbiology, Monash University, AUSTRALIA<br>
</div></div>