<div dir="ltr">Dear All,<div><div>I have uploaded genomic fasta sequence and its GFF3 file into local mysql database using "bp_seqfeature_load.pl".</div><div>I want to extract sequence from position 100-2000 on "-" strand of Chromosome I, and want to print only sequence from&nbsp;</div><div>exon between 100-2000, with fasta format. My code extracting the sequence from 100-2000 with "+" strand. I would appreciate If anyone could kindly co<span style="font-size: 13px;">rrect this program.</span></div><div><br></div></div><div>Command used to run program "./<span style="font-size: 13px;">program.pl&nbsp;-d database -u user -p password"</span></div><div><div><br></div><div>#!/usr/bin/env perl</div><div>use Getopt::Long;</div><div>use File::Spec;</div><div>use Bio::DB::SeqFeature::Store;</div><div>use Bio::SeqIO;</div><div>#use Carp::Always;</div><div><br></div><div>my $DSN;</div><div>my $ADAPTOR;</div><div>my $VERBOSE &nbsp;= 1;</div><div>my $USER &nbsp; &nbsp; = '';</div><div>my $PASS &nbsp; &nbsp; = '';</div><div>my @gff3opt;</div><div>my @information;</div><div>GetOptions(</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;'dsn=s' &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&gt; \$DSN,</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;'adaptor=s' &nbsp; =&gt; \$ADAPTOR,</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;'user=s' &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&gt; \$USER,</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;'password=s' &nbsp;=&gt; \$PASS,</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;'gff3opt=i{,}' &nbsp; &nbsp;=&gt; \@gff3opt,</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ) || die &lt;&lt;END;</div><div><br></div><div>&nbsp; Options:</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -d --dsn &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;The database name ($DSN)</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -a --adaptor &nbsp; &nbsp;The storage adaptor to use ($ADAPTOR)</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -u --user &nbsp; &nbsp; &nbsp; User to connect to database as</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -p --password &nbsp; Password to use to connect to database</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -g --gff3opt &nbsp; &nbsp;flag options to gff3_string (i.e.: pass -gffopt 1 to recurse)</div><div><br></div><div>END</div></div><div><div>$ADAPTOR &nbsp; &nbsp; ||= 'DBI::mysql';</div><div>$DSN &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ||= $ADAPTOR eq 'DBI::mysql' ? "mysql_read_default_file=$ENV{HOME}/.my.cnf" : '';</div><div><br></div><div>my $store = Bio::DB::SeqFeature::Store-&gt;new(</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -dsn &nbsp; &nbsp; =&gt; $DSN,</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -adaptor =&gt; $ADAPTOR,</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -user &nbsp; &nbsp;=&gt; $USER,</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -pass &nbsp; &nbsp;=&gt; $PASS,</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;)</div><div>&nbsp; or die "Couldn't create connection to the database";</div><div><br></div><div># on signals, give objects a chance to call their DESTROY methods</div><div>$SIG{TERM} = $SIG{INT} = sub { &nbsp; undef $store; die "Aborted..."; };</div><div><div>@information = $store-&gt;fetch_sequence(-seqid=&gt;'I',-start=&gt;100,-end=&gt;2000);</div><div>for my $f (@information){</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp; print "$f\n";</div><div>}</div><div><br></div></div><div>Thanks a lot.</div></div><div><br></div><div>Firoz</div></div>