<div dir="ltr">Biojava doesn't parse pubmed ids by default. However you can do it with the cif parser that Biojava uses underneath: ciftools-java . See the README providing very clear examples on how to extract CIF fields:<div><br></div><div><a href="https://github.com/rcsb/ciftools-java">https://github.com/rcsb/ciftools-java</a><br></div><div><br></div><div>Note that ciftools-java can also use the BinaryCIF format, which makes parsing much faster.</div><div><br></div><div>Alternatively, you can avoid parsing CIF altogether and instead use the RCSB PDB Data API for this (via the GraphQL interface). See this example in the Data API tutorial: <a href="https://data.rcsb.org/#gql-example-2">https://data.rcsb.org/#gql-example-2</a></div><div><br></div><div>Jose</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, 27 May 2024 at 07:39, Enrico Morelli <<a href="mailto:morelli@cerm.unifi.it">morelli@cerm.unifi.it</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear,<br>
<br>
is there a way to get PubMed ID from a CIF file downloaded from <a href="http://rscb.org" rel="noreferrer" target="_blank">rscb.org</a> site?<br>
<br>
In the CIF file is the line "citation.pdbx_database_id_PubMed   1910042".<br>
<br>
Thanks<br>
<br>
-- <br>
-----------------------------------------------------------<br>
  Enrico Morelli<br>
  System Administrator | Programmer | Web Developer<br>
<br>
  CERM - Polo Scientifico<br>
  via Sacconi, 6 - 50019 Sesto Fiorentino (FI) - ITALY<br>
------------------------------------------------------------<br>
_______________________________________________<br>
Biojava-l mailing list  -  <a href="mailto:Biojava-l@biojava.org" target="_blank">Biojava-l@biojava.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-l" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-l</a><br>
</blockquote></div>