<div dir="ltr">The tutorial contains a section on how to calculate contacts between atoms of a structure: <a href="https://github.com/biojava/biojava-tutorial/blob/master/structure/contact-map.md">https://github.com/biojava/biojava-tutorial/blob/master/structure/contact-map.md</a><div><br></div><div>Let us know if you have any troubles with that or other specific questions.</div><div><br></div><div>Jose</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, 12 Dec 2023 at 07:03, Enrico Morelli <<a href="mailto:morelli@cerm.unifi.it">morelli@cerm.unifi.it</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear,<br>
<br>
is there a way to get all the atoms that fall within 3.0A from a given atom (e.g. Zn) in the PDB.<br>
<br>
<br>
Thanks<br>
-- <br>
-----------------------------------------------------------<br>
  Enrico Morelli<br>
  System Administrator | Programmer | Web Developer<br>
<br>
  CERM - Polo Scientifico<br>
  via Sacconi, 6 - 50019 Sesto Fiorentino (FI) - ITALY<br>
------------------------------------------------------------<br>
_______________________________________________<br>
Biojava-l mailing list  -  <a href="mailto:Biojava-l@biojava.org" target="_blank">Biojava-l@biojava.org</a><br>
<a href="https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-l" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-l</a><br>
</blockquote></div>