<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hello everyone.<br><br></div>I have been studying the pairwise sequence alignment concept for a project that I need to do for an exam.<br></div><div>In particular I am interested in the global and local alignments and all the things related to them (how they are implemented, how I can generate a paiwise alignment, ect.).<br></div>I would implement my project in Java employing indeed BioJava as starting point.<br></div><div>I set up correctly the Maven project on Eclipse so no problem under that point of view.<br></div><div><br></div>Few months ago I have seen there was all the documentation, tutorials and specifications about the BioJava project based on the Wiki pages.<br></div>I have seen it has been all migrated into a new web site but now I am not finding any documentation, tutorial or cookbook about the topic of personal interest.<br><br></div>- In the BioJavaTutorial page - book 2, the alignment module has no pages of explanation.<br></div><div>- In the CookBook4.0, all the links relative to the paiwise sequence alignment give me back an "<span id="result_box" class="" lang="en"><span>address</span> <span class="">uninterpretable</span></span>" message.<br></div><div>- Finally in the Wiki Pages section there are many links. In some of these there are links interesting for me but they contain not well formatted codes.<br><br></div><div>I know that it may taketime to migrate all the things but in the meantime:<br>Is there any possibility to have the reference to the old web site?<br></div><div>Anyone can help me to indicate me where I can find some good pages of documentation, tutorial, etc. about pairwise sequence alignment for BioJava?<br><br></div><div>Thanks a lot.<br></div></div>